Theo đó, nhiều thủ tục hải quan mới được ban hành nhằm hướng dẫn thi hành một số văn bản Luật, Nghị định mới liên quan đến lĩnh vực hải quan và tháo gỡ vướng mắc phát sinh trong thực tế.

Thủ tục hải quan đối với hàng hóa Xuất nhập khẩu

Thông tư cũng bổ sung thêm những hướng dẫn về thủ tục hải quan, giám sát hải quan đối với một số trường hợp đặc thù mà các văn bản trước đây chưa hướng dẫn như: Thủ tục hải quan đối với hàng hóa là phương tiện vận tải Xuất nhập khẩu; giám sát hải quan đối với hàng hóa chưa làm thủ tục nhập khẩu, đang nằm trong khu vực giám sát hải quan, nhưng phải tái xuất trả lại cho đối tác nước ngoài…

Trong đó, đáng chú ý trong Thông tư 128 có sự thay đổi về địa điểm đăng ký tờ khai nhập sản xuất xuất khẩu so với quy định trước đây (Doanh nghiệp được lựa chọn làm thủ tục hải quan tại một chi cục hải quan nơi Doanh nghiệp thấy thuận tiện nhất). Theo đó, Doanh nghiệp đăng ký làm thủ tục hải quan nhập khẩu nguyên liệu, vật tư theo danh mục đã đăng ký tại một chi cục hải quan thuộc cục hải quan tỉnh, thành phố nơi Doanh nghiệp có cơ sở sản xuất; trường hợp Doanh nghiệp được tổ chức theo mô hình tập đoàn (công ty mẹ - công ty con) có đơn vị thành viên chuyên trách thực hiện việc nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để cung cấp cho các đơn vị trực thuộc hoặc có cơ sở sản xuất tại nhiều tỉnh, thành phố khác nhau thì được lựa chọn một chi cục hải quan nơi Doanh nghiệp có cơ sở sản xuất hoặc Chi cục hải quan tại cửa khẩu nhập nguyên liệu, vật tư để làm thủ tục hải quan.

Thông tư bổ sung quy định hàng hóa nhập khẩu chỉ được đưa về bảo quản tại các địa điểm nếu đáp ứng các điều kiện giám sát hải quan;  trách nhiên của người khai hải quan, hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan và hải quan quản lý địa điểm bảo quan hàng hóa được quy định rõ nhằm đảm bảo hàng hóa phải chịu sự giám sát hải quan từ khi đến cửa khẩu đến khi thông quan hàng hóa. Tránh tình trạng hàng hóa sau khi đưa về bảo quản, Doanh nghiệp tự ý đưa vào tiêu thụ trước khi có kết quả kiểm tra hoặc Doanh nghiệp không chịu nộp kết quả kiểm tra hoặc kết quả kiểm tra không đạt điều kiện nhập khẩu nhưng Doanh nghiệp đã đưa hàng đi tiêu thụ dẫn đến không thể xử lý số hàng hóa đó được.

Thời hạn nộp thuế

Thông tư 128 hướng dẫn cụ thể quy định để Doanh nghiệp được hưởng ân hạn thuế đối với hàng hóa Xuất nhập khẩu. Theo đó, đối với hàng hóa nhập khẩu là nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng xuất khẩu (sản xuất xuất khẩu) để được áp dụng thời hạn nộp thuế 275 ngày, kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan, người nộp thuế phải đáp ứng đủ các điều kiện như: Phải có cơ sở sản xuất thuộc sở hữu của người nộp thuế, không phải cơ sở đi thuê trên lãnh thổ Việt Nam phù hợp với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu; Có hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu trong thời gian ít nhất 2 năm liên tục tính đến ngày đăng ký tờ khai hải quan cho lô hàng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu và trong 2 năm đó được cơ quan Hải quan xác định là không bị xử lý về hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới và không bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận thương mại.

Bên cạnh đó, Doanh nghiệp không nợ tiền thuế quá hạn, tiền chậm nộp, tiền phạt đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại thời điểm đăng ký tờ khai; không bị cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền xử phạt vi phạm trong lĩnh vực kế toán trong 2 năm liên tục tính từ ngày đăng ký tờ khai hải quan trở về trước; phải thực hiện thanh toán qua ngân hàng đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu.

Trường hợp không đáp ứng đủ các điều kiện trên, nhưng được tổ chức tín dụng bảo lãnh số thuế phải nộp thì vẫn được áp dụng thời hạn nộp thuế tối đa không quá 275 ngày và không phải nộp tiền chậm nộp trong thời hạn bảo lãnh.

Theo quy định tại Thông tư 128, cơ quan Hải quan chấp nhận áp dụng bảo lãnh nếu người nộp thuế đáp ứng đầy đủ các điều kiện có vốn chủ sở hữu 10 tỷ đồng trở lên (theo báo cáo tài chính của năm trước liền kề năm đăng ký tờ khai hải quan), có hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu tối thiểu 365 ngày tính đến ngày đăng ký tờ khai hải quan cho lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu.

Trong thời gian 365 ngày trở về trước, kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan cho lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu được cơ quan Hải quan xác định là không có trong danh sách đã bị xử lý về hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hoá qua biên giới của cơ quan hải quan; không có trong danh sách đã bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận thuế của cơ quan hải quan; không quá hai lần bị xử lý về các hành vi vi phạm khác về hải quan (bao gồm cả hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn, không thu) với mức phạt tiền vượt thẩm quyền của chi cục trưởng chi cục hải quan theo quy định của Luật Xử lý vi phạm hành chính.

Doanh nghiệp không có trong danh sách còn nợ tiền thuế quá hạn, tiền chậm nộp, tiền phạt tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan.

Khi làm thủ tục cho lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu, nếu thực hiện bảo lãnh người nộp thuế nộp Thư bảo lãnh của tổ chức tín dụng nhận bảo lãnh cho cơ quan Hải quan. Thư bảo lãnh của tổ chức tín dụng được thành lập và hoạt động theo Luật các tổ chức tín dụng ghi rõ số tiền thuế thực hiện bảo lãnh, thời hạn bảo lãnh, cam kết với cơ quan Hải quan liên quan về việc bảo đảm khả năng thực hiện và chịu trách nhiệm nộp đủ tiền thuế và tiền chậm nộp thay cho người nộp thuế khi hết thời hạn bảo lãnh nhưng người nộp thuế chưa nộp thuế.

Ngoài ra, Thông tư 128 có nhiều điểm thay đổi về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu như: vấn đề khai hải quan; sửa chữa tờ khai, khai bổ sung hồ sơ hải quan; đồng tiền nộp thuế; thông quan hàng hóa; về thanh khoản hàng nhập sản xuất xuất khẩu; bổ sung điều kiện thành lập và quản lý kho ngoại quan; thủ tục xét miễn thuế đối với Doanh nghiệp ưu tiên…

Một số quy định được bãi bỏ tại Thông tư 128 như: bãi bỏ quy định lấy mẫu, lưu mẫu đối với nguyên liệu, vật tư phục vụ gia công, sản xuất xuất khẩu,  bãi bỏ việc nộp đơn chuyển cửa khẩu khi làm thủ tục hải quan hàng chuyển cửa khẩu. Một số thủ tục cũng đơn giản hơn như: Đơn giản hóa hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế, không thu thuế đối với một số loại hình Xuất nhập khẩu (nhập sản xuất xuất khẩu, tạm nhập tái xuất, Doanh nghiệp chế xuất…); quy định về thông báo định mức đối với hàng sản xuất xuất khẩu cũng được thay đổi, Doanh nghiệp chỉ thông báo định mức nguyên liệu chính với cơ quan Hải quan…