Kể từ năm 1997 đến nay JICA và Hải quan Nhật Bản đã dành cho Hải quan Việt Nam hỗ trợ hết sức to lớn và hiệu quả vào quá trình cải cách hiện đại hóa hải quan, đặc biệt là việc đào tạo phát triển nguồn nhân lực cho Hải quan Việt Nam và xây dựng phát triển hệ thống CNTT phục vụ thông quan hàng hóa và quản lý hải quan.

Các dự án hỗ trợ kỹ thuật của JICA đã thực hiện liên tục ở hầu hết các lĩnh vực chuyên môn nghiệp vụ từ trị giá HS, kiểm tra sau thông quan, quản lý rủi ro, phân tích thông tin tình báo, nâng cao năng lực công chức tại cửa khẩu... đã mang lại lợi ích to lớn cho HQVN. Gần 8000 lượt cán bộ công chức đã được các chuyên gia Nhật Bản đào tạo trong khuôn khổ các hoạt động của các dự án JICA.

Các dự án viện trợ không hoàn lại về máy soi công ten nơ tại Thành phố Hồ Chí Minh, Hải Phòng cũng đã giúp cho Hải quan Việt Nam tiếp cận với các thiết bị kiểm tra kiểm soát hải quan hiện đại và giúp cho quá trình đầu tư mua sắm thiết bị của HQVN được đẩy nhanh.

Đặc biệt, dự án VNACCS/VCIS đã giúp Hải quan Việt Nam đáp ứng được các yêu cầu của chiến lược cải cách phát triển và thực hiện các cam kết quốc tế hướng đến mô hình hải quan hiện đại, minh bạch, và hiệu quả trong quản lý.

Đánh giá cao sự hỗ trợ của các chuyên gia dài hạn và ngắn hạn trong các chương trình dự án hợp tác giữa Hải quan Việt Nam và Hải quan Nhật Bản, Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan Việt Nam nhấn mạnh các ưu tiên trọng tâm trong quan hệ hợp tác thời gian tới là:

- Tiếp tục thúc đẩy mạnh mẽ quá trình cải cách hiện đại hóa trong đó có việc nâng cấp, mở rộng và phát triển hệ thống VNACCS/VCIS một cách đồng bộ nhằm đáp ứng được yêu cầu thực thi pháp luật kiểm soát đảm bảo an ninh và tạo thuận lợi cho thương mại theo các cam kết WTO và đặc biệt là thực hiện các cam kết trong ASEAN về một cửa quốc gia, một cửa ASEAN, kết nối hệ thống quá cảnh ASEAN... Nhằm xây dựng môi trường kinh doanh thuận lợi cho cộng đồng doanh nghiệp trong đó có các nhà đầu tư nước ngoài và Nhật Bản.

- Tăng cường kiểm soát chống buôn lậu, gian lận thương mại, vận chuyển trái phép các chất ma túy, vũ khí qua biên giới cũng như kiểm soát thực thi quyền sở hữu trí tuệ tại biên giới.

- Phát triển nguồn nhân lực của Hải quan Việt Nam theo hướng chuyên nghiệp, văn minh và tận tụy phục vụ cho người dân và doanh nghiệp.

Bên cạnh đó, Tổng cục Hải quan cũng đề nghị JICA và Hải quan Nhật Bản tiếp tục dành sự quan tâm và ưu tiên hỗ trợ cho mục tiêu ưu tiên của Hải quan Việt Nam nói trên đặc biệt là trong việc nâng cấp, mở rộng và phát triển hệ thống VNACCS/VCIS giai đoạn 2; đào tạo phát triển nguồn nhân lực và hỗ trợ các trang thiết bị kiểm tra kiểm soát như tàu thuyền…