Dự thảo Thông tư được xây dựng trên cơ sở kế thừa bố cục của Thông tư 193/2009/TT-BTC đã được thực hiện ổn định trong những năm qua. Theo đó, dự thảo Thông tư có 3 chương gồm 43 điều, cụ thể: Chương I - quy định về xử lý vi phạm hành chính về hải quan; Chương II - quy định về cưỡng chế thi hành quyết định hành chính trong lĩnh vực hải quan và Chương III - tổ chức thực hiện.

Trong đó Chương I sẽ hướng dẫn một số nội dung quy định tại Chương I Nghị định 127 như, nguyên tắc áp dụng văn bản, nguyên tắc xử phạt, cụ thể một số trường hợp không xử phạt, việc áp dụng hình thức và mức xử phạt, áp dụng các biện pháp ngăn chặn vi phạm hành chính và bảo đảm việc xử phạt vi phạm hành chính, thẩm quyền xử phạt, thủ tục xử phạt vi phạm hành chính và thực hiện quyết định xử phạt vi phạm hành chính.

Chương II sẽ quy định chi tiết một số nội dung của Chương II Nghị định 127 như, quy định về phối hợp thực hiện quyết định cưỡng chế; áp dụng biện pháp cưỡng chế trong trường hợp quyết định cưỡng chế hết hiệu lực thi hành…

Một số vấn đề quy định tại dự thảo Thông tư đáng chú ý như: Quy định về khai sai mã số, thuế suất lần đầu, trường hợp được coi là đã hướng dẫn về khai mã số, thuế suất; Hướng dẫn xử phạt đối với trường hợp XNK hàng hóa thừa so với giấy phép về số lượng, trọng lượng; Xử lý đối với những vụ vi phạm vượt thẩm quyền xử phạt của Cục trưởng Cục Hải quan, Cục trưởng Cục Điều tra chống buôn lậu, Cục trưởng Cục Kiểm tra sau thông quan; Thời điểm chuyển từ biện pháp cưỡng chế này sang biện pháp cưỡng chế khác; Cưỡng chế trong trường hợp ấn định thuế; Xử phạt vi phạm hành chính đối với các hành vi vi phạm về thủ tục hải quan điện tử…