Cơ quan Thuế sẽ căn cứ vào mức độ và khả năng thực hiện việc ghi chép sổ sách kế toán, hóa đơn chứng từ của hộ kinh doanh để phân loại và áp dụng phương pháp quản lý thuế cho phù hợp. Cụ thể, các hộ kinh doanh nộp thuế theo phương pháp kê khai, đã thực hiện đăng ký kinh doanh và được cấp mã số thuế sẽ thực hiện quản lý thuế tương tự như đối với doanh nghiệp.

Đối với hộ kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khoán (hộ không có đăng ký kinh doanh hoặc không phải đăng ký kinh doanh…), sẽ phân theo nhóm: hộ kinh doanh thuộc diện không phải nộp thuế giá trị gia tăng và hộ kinh doanh thuộc diện nộp thuế khoán.

Bên cạnh đó, tùy theo yêu cầu quản lý thực tế tại địa phương, cơ quan Thuế sẽ phân loại hộ kinh doanh theo bậc môn bài, theo địa bàn kinh doanh hoặc theo nhóm ngành nghề... cho phù hợp. Năm 2013, cơ quan Thuế sẽ điều tra doanh thu thực tế của các hộ kinh doanh để làm căn cứ xác định phương pháp tính thuế sát với thực tế.