Thông tư 96 của Bộ Tài chính hướng dẫn về hồ sơ, thủ tục miễn thuế thu nhập cá nhân (TNCN) đối với chuyên gia nước ngoài thực hiện chương trình dự án viện trợ phi chính phủ (gọi tắt là dự án) nước ngoài tại Việt Nam. Cụ thể một số nội dung như sau:

Thông tư 96 quy định, hồ sơ miễn thuế bao gồm: Xác nhận chuyên gia nước ngoài (gọi tắt là chuyên gia) và đề nghị miễn thuế của cơ quan chủ quản (trường hợp chuyên gia ký hợp đồng với cơ quan chủ quản) hoặc chủ khoản viện trợ phi chính phủ nước ngoài (trường hợp chuyên gia ký hợp đồng với tổ chức phi chính phủ nước ngoài hoặc ký hợp đồng với chủ khoản viện trợ phi chính phủ) đối với thu nhập từ việc trực tiếp thực hiện chương trình, dự án của chuyên gia (theo mẫu).

Trước đây, trong các hướng dẫn chưa có hướng dẫn cụ thể các tài liệu liên quan đến thu nhập được miễn thuế của các chuyên gia. Điểm mới của Thông tư 96 là hướng dẫn các tài liệu liên quan, gồm:

Bản sao quyết định phê duyệt chương trình, dự án; Bản sao văn kiện chương trình, dự án được cơ quan có thẩm quyền Việt Nam phê duyệt; Bản sao hợp đồng ký giữa chuyên gia với tổ chức phi chính phủ nước ngoài hoặc với cơ quan chủ quản hoặc chủ khoản viện trợ.

Về thời hạn nộp hồ sơ miễn thuế, trước đây không có hướng dẫn. Thông tư 96 quy định: chậm nhất là ngày thứ 30 kể từ ngày hợp đồng chuyên gia có hiệu lực, cơ quan chủ quản/cấp viện trợ gửi hồ sơ miễn thuế đến cơ quan thuế.

Một nội dung mới khác là quy định về nơi nộp hồ sơ. Trước đây quy định nơi nộp hồ sơ miễn thuế là cục thuế tỉnh/thành phố, nơi ban quản lý dự án hoặc chủ dự án đặt trụ sở. Thông tư 96 hướng dẫn cụ thể địa điểm nộp thuế đối với từng trường hợp phát sinh. Cụ thể như sau:

Trường hợp chuyên gia ký hợp đồng với cơ quan chủ quản, nơi nộp hồ sơ miễn thuế là cục thuế nơi cơ quan chủ quảnđặt trụ sở.

Trường hợp chuyên gia ký hợp đồng với tổ chức phi chính phủ hoặc với chủ khoản viện trợ, nơi nộp hồ sơ là cục thuế nơi chủ khoản viện trợ đặt trụ sở.

Một điểm khác biệt nữa, trước đây không hướng dẫn về thời hạn cơ quan thuế ban hành Xác nhận miễn thuế và không hướng dẫn về việc cơ quan thuế ban hành thông báo về việc không đủ điều kiện được miễn thuế.

Thông tư 96 quy định: Trong thời hạn 15 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ, cơ quan thuế phải ban hành Xác nhận miễn thuế TNCN (theo mẫu) hoặc thông báo về việc không đủ điều kiện được miễn thuế.

Trường hợp có thay đổi chuyên gia so với Xác nhận chuyên gia nước ngoài và đề nghị miễn thuế TNCN đã gửi cơ quan thuế, cơ quan chủ quản/chủ khoản viện trợ gửi hồ sơ miễn thuế như đối với chuyên gia lần đầu thực hiện miễn thuế.

Tổng cục thuế đề nghị các cục thuế địa phương phổ biến đến các cán bộ thuế và thông báo đến người nộp thuế trên địa bàn.