Hiện nay, quy định về khai thuế đã được nêu rõ tại Nghị định 83/2013/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Thông tư 156/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế. Tuy nhiên, qua thực tế triển khai một số doanh nghiệp vẫn còn gặp vướng mắc với những quy định này. Do vậy, Tổng cục Thuế đề xuất bổ sung thêm các quy định về nguyên tắc khai thuế và tính thuế trong Luật Quản lý thuế sửa đổi.

Cụ thể, Tổng cục Thuế yêu cầu, người nộp thuế phải khai chính xác, trung thực, đầy đủ các nội dung trong tờ khai thuế theo mẫu do Bộ Tài chính quy định và nộp đủ các loại chứng từ, tài liệu quy định trong hồ sơ khai thuế với cơ quan quản lý thuế. Người nộp thuế tự tính số thuế phải nộp, trừ trường hợp việc tính thuế do cơ quan quản lý thuế thực hiện theo quy định của Chính phủ. Ngoài ra, việc áp dụng cơ chế thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế được thực hiện trên cơ sở đề nghị của người nộp thuế và sự thống nhất giữa cơ quan Thuế và người nộp thuế theo thỏa thuận đơn phương, song phương và đa phương giữa cơ quan Thuế, người nộp thuế và cơ quan thuế các nước, vùng lãnh thổ có liên quan. Với thay đổi này, theo đánh giá của Tổng cục Thuế sẽ góp phần tránh phát sinh nợ ảo trong hạch toán ngân sách.

Về hồ sơ khai thuế, hiện các thủ tục hồ sơ khai thuế đang được quy định tại Điều 31 Luật Quản lý thuế (đã được sửa đổi, bổ sung tại Luật số 21/2012/QH13). Nhằm thực hiện đơn giản hoá thủ tục hành chính trong kê khai thuế, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 91/2014/NĐ-CP quy định người nộp thuế không phải khai tạm tính thuế Thu nhập doanh nghiệp theo quý. Do đó, tại Luật Quản lý thuế cần bỏ quy định về khai tạm tính theo quý và hồ sơ khai tạm tính theo quý. Tổng cục Thuế cho rằng, với mục tiêu tiếp tục cải cách thủ tục khai và nộp thuế Thu nhập doanh nghiệp, cần thiết quy định theo hướng cắt giảm các tài liệu doanh nghiệp phải nộp cho cơ quan Thuế khi thực hiện khai quyết toán thuế Thu nhập doanh nghiệp.

Tại dự thảo tờ trình đề xuất xây dựng Luật Quản lý thuế sửa đổi, cơ quan Thuế đề xuất bỏ tờ khai quyết toán thuế và lồng ghép khai quyết toán thuế vào Báo cáo tài chính. Theo đó, sẽ bổ sung chỉ tiêu để khai thuế, tính thuế Thu nhập doanh nghiệp vào Báo cáo kết quả hoạt động kinh doanh trong Báo cáo tài chính năm của doanh nghiệp. Hồ sơ khai quyết toán thuế Thu nhập doanh nghiệp là Báo cáo tài chính và các tài liệu có liên quan.

Đánh giá tác động của giải pháp này, cơ quan quản lý thuế cho rằng, quy định riêng hồ sơ khai quyết toán thuế Thu nhập doanh nghiệp đồng bộ với Luật Kế toán, theo đó người nộp thuế không phải bỏ thời gian, công sức để kê khai hồ sơ khai quyết toán thuế Thu nhập doanh nghiệp mà chỉ phải chuẩn bị các tài liệu có liên quan khác ngoài Báo cáo tài chính. Tuy nhiên, hiện nay còn có sự chênh lệch giữa việc tính chi phí thuế Thu nhập doanh nghiệp theo chế độ kế toán doanh nghiệp và Luật thuế Thu nhập doanh nghiệp (một số loại chi phí bị khống chế mức tính chi phí hợp lệ, yêu cầu về hóa đơn, chứng từ thanh toán...).

Ngoài ra, Luật thuế Thu nhập doanh nghiệp hiện hành còn có các quy định cho bù trừ lỗ, chuyển lỗ, ưu đãi miễn giảm (theo Luật thuế Thu nhập doanh nghiệp, các nghị quyết, Hiệp định tránh đánh thuế hai lần), trích lập quỹ khoa học công nghệ khi thực hiện tính thuế Thu nhập doanh nghiệp phải nộp. Do đó, trong trường hợp bỏ tờ khai quyết toán thì cần quy định các mẫu biểu khác để việc kê khai được tường minh và cơ quan Thuế có thông tin quản lý. Do vậy, bỏ quy định về khai tạm tính theo quý và hồ sơ khai tạm tính theo quý là giải pháp tối ưu.