Cụ thể Luật Quản lý thuế sửa đổi có 29 vấn đề liên quan đến lĩnh vực Hải quan, chia làm 3 nhóm nội dung:

1. Các nội dung sửa đổi gắn với cải cách thủ tục hành chính (4 vấn đề):

- Bỏ “Chứng từ nộp thuế” trong hồ sơ hoàn thuế, quy định doanh nghiệp chỉ phải nộp một bộ hồ sơ hoàn thuế cho Cơ quan quản lý thuế.

- Rút ngắn thời hạn giải quyết đối với trường hợp “kiểm tra trước, hoàn thuế sau” từ 60 ngày xuống còn 40 ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ và trường hợp “hoàn thuế trước, kiểm tra sau” từ 15 ngày làm việc xuống còn 6 ngày làm việc.

- Thay Tờ khai quyết toán thuế trong hồ sơ đề nghị xóa nợ đối với trường hợp doanh nghiệp bị tuyên bố phá sản bằng Quyết định tuyên bố phá sản để đảm bảo tính thống nhất, đơn giản trong thực hiện. 

- Sửa đổi, bổ sung làm rõ trách nhiệm của cơ quan quản lý thuế thực hiện việc tuyên truyền, phổ biến, hướng dẫn pháp luật về thuế tại trụ sở, trang thông tin điện tử của cơ quan quản lý thuế và trên các phương tiện thông tin đại chúng. 

2. Các nội dung sửa đổi phục vụ mục tiêu cải cách, hiện đại hoá và hội nhập, phù hợp thông lệ quốc tế (5 vấn đề):

- Bổ sung nguyên tắc quản lý rủi ro trong công tác quản lý thuế.

- Bổ sung quy định áp dụng biện pháp ưu tiên khi thực hiện thủ tục về thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu.

- Bổ sung quy định về xác định trước mã số, trị giá hải quan, xác nhận trước xuất xứ đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu.   

- Mở rộng phạm vi thu thập thông tin về người nộp thuế từ nguồn nước ngoài theo các hiệp định, điều ước đã ký để cho phép khai thác thông tin từ nguồn nước ngoài trên cơ sở các điều ước quốc tế, tăng cường công tác trao đổi thông tin, phòng, chống gian lận thuế.

- Bổ sung nghĩa vụ của người nộp thuế trong việc ứng dụng công nghệ thông tin: quy định người nộp thuế có nghĩa vụ phải thực hiện giao dịch với cơ quan quản lý thuế thông qua phương tiện điện tử nếu là tổ chức kinh doanh tại địa bàn có cơ sở hạ tầng về công nghệ thông tin để nâng cao quản trị DN cũng như phát triển phương thức quản lý thuế điện tử. 

3. Các nội dung sửa đổi để nâng cao hiệu lực, hiệu quả của quản lý thuế (20 vấn đề):

- Bổ sung quy định về địa điểm nộp hồ sơ khai thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện theo quy định của Luật Hải quan đảm bảo tính minh bạch, rõ ràng trong quản lý thuế.  

- Sửa đổi, bổ sung quy định về thời hạn nộp thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu: Đối với hàng nhập khẩu là nguyên liệu sản xuất xuất khẩu để được áp dụng thời hạn nộp thuế 275 ngày phải đáp ứng điều  kiện. Trường hợp không đáp ứng điều kiện quy định thì phải nộp thuế ngay hoặc phải có bảo lãnh nhưng không phải trả tiền chậm nộp trong thời hạn bảo lãnh.

- Đối với hàng kinh doanh tạm nhập - tái xuất phải nộp thuế ngay hoặc phải có bảo lãnh nhưng không phải trả tiền chậm nộp trong thời hạn bảo lãnh. 

- Hàng hoá khác phải nộp thuế ngay hoặc phải có bảo lãnh nhưng phải trả tiền chậm nộp từ ngày thông quan hoặc giải phóng hàng.

- Hết thời hạn bảo lãnh mà người nộp thuế chưa nộp thuế và tiền chậm nộp (nếu có) thì tổ chức nhận bảo lãnh có trách nhiệm nộp đủ thuế và tiền chậm nộp thay cho người nộp thuế.

- Khắc phục tình trạng trây ỳ, dây dưa, kéo dài việc nộp thuế sau đó bỏ trốn khỏi địa chỉ kinh doanh, gây thất thu, thực hiện thu đúng, đủ, kịp thời tiền thuế vào ngân sách nhà nước;

- Sửa đổi, bổ sung quy định về thứ tự thanh toán tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt để phù hợp với thực tế về quản lý nợ trong ngành Hải quan, ưu tiên thanh toán nợ đến hạn cưỡng chế nhằm giảm nợ xấu và giảm thiểu các vụ việc  phải cưỡng chế thuế.

- Sửa đổi, bổ sung quy định về xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa: Quy định thời hạn xử lý tiền thuế, tiền phạt nộp thừa thành 10 năm (Luật hiện hành là không có thời hạn), sửa đổi, bổ sung làm rõ các cách thức xử lý tiền thuế, tiền phạt nộp thừa. 

- Sửa đổi, bổ sung quy định về trường hợp gia hạn nộp thuế: Bổ sung 2 trường hợp gia hạn nộp thuế (di dời cơ sở sản xuất kinh doanh theo yêu cầu của cơ quan Nhà nước, nợ thuế do chưa được thanh toán vốn đầu tư xây dựng cơ bản được ghi trong dự toán ngân sách Nhà nước).

- Bổ sung quy định Chính phủ gia hạn nộp thuế trong trường hợp việc gia hạn nộp thuế không dẫn đến điều chỉnh dự toán thu ngân sách Nhà nước đã được Quốc hội quyết định.    

- Sửa đổi, bổ sung quy định về các trường hợp thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau và thời hạn kiểm tra sau hoàn thuế. Quy định cụ thể các trường hợp hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau. Quy định thực hiện kiểm tra sau hoàn đối với trường hợp hoàn trước kiểm sau theo nguyên tắc quản lý rủi ro và trong thời hạn 10 năm kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.  

- Sửa đổi, bổ sung quy định về thời hạn giải quyết  hồ sơ miễn, giảm thuế: Bổ sung quy định trách nhiệm của cơ quan quản lý thuế phải thông báo bằng văn bản lý do không được miễn, giảm thuế trong trường hợp có kiểm tra thực tế.

- Sửa đổi, bổ sung quy định về trường hợp được xoá nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.

- Sửa đổi, bổ sung quy định về thẩm quyền xoá nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt: Sửa đổi thẩm quyền xoá nợ cụ thể cho từng cấp, xoá nợ tuỳ theo đối tượng nợ thuế và số tiền thuế, tiền phạt còn nợ.

- Bổ sung quy định về xóa nợ đối với tiền thuế nợ, tiền phạt phát sinh trước 1/7/2007.

- Sửa đổi quy định về kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế. Theo đó, bổ sung trường hợp xác định đối tượng kiểm tra theo tiêu chí đánh giá rủi ro; kiểm tra đối với trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật, trường hợp được lựa chọn theo chuyên đề, kế hoạch do Thủ trưởng cơ quan quản lý thuế cấp trên quyết định. Các trường hợp này thực hiện kiểm tra không quá một lần trong 1 năm.

- Bổ sung quy định nộp dần tiền thuế đối với trường hợp người nộp thuế không có khả năng nộp đủ tiền thuế một lần.

- Sửa đổi, bổ sung quy định về biện pháp cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế: Thay đổi trật tự một số biện pháp cưỡng chế (chuyển biện pháp dừng làm thủ tục hải quan từ thứ 5 lên thứ 3); Trường hợp người nộp thuế có hành vi bỏ trốn, tẩu tán tài sản thì cơ quan quản lý thuế được lựa chọn áp dụng biện pháp cưỡng chế phù hợp để đảm bảo thu hồi nợ thuế kịp thời.

- Sửa đổi, bổ sung quy định về biện pháp cưỡng chế kê biên tài sản, biện pháp cưỡng chế thu tiền, tài sản khác của đối tượng bị cưỡng chế do tổ chức, cá nhân khác đang nắm giữ.

- Sửa đổi, bổ sung quy định về biện pháp cưỡng chế dừng làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất nhập khẩu.

- Sửa đổi, bổ sung quy định về chậm nộp tiền thuế: Thay cụm từ “tiền phạt chậm nộp,” bằng cụm từ “tiền chậm nộp”; Sửa đổi, bổ sung quy định về xử lý đối với việc chậm nộp tiền thuế. Quy định mức xử phạt đối với hành vi chậm nộp tiền thuế theo mức lũy tiến; Bổ sung quy định về tính tiền chậm nộp đối với cơ quan, tổ chức được ủy nhiệm thu thuế khi chậm chuyển tiền thuế vào ngân sách để xử lý công bằng, bảo vệ quyền lợi của người nộp thuế, tách biệt lỗi vi phạm của người nộp thuế và của tổ chức thu hộ tiền thuế.

- Sửa đổi, bổ sung quy định xử phạt đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, được hoàn: Tách riêng quy định cho khâu thuế nội địa và khâu xuất nhập khẩu. Thời hiệu xử phạt vi phạm pháp luật về thuế: Sửa đổi thời hiệu truy nộp đủ số tiền thuế thiếu, tiền thuế trốn, tiền thuế gian lận, tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước trong thời hạn 10 năm trở về trước, kể từ ngày phát hiện hành vi vi phạm. 

- Sửa đổi quy định về thanh tra thuế: Các nội dung về thanh tra thuế quy định tại Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 khác với quy định tại Luật Thanh tra thì thực hiện theo quy định tại Luật Thanh tra.