Thứ nhất, thực hiện kê khai người lao động và làm thủ tục khai để cấp mã số thuế cá nhân cho những người ký hợp đồng lao động theo thủ tục quy định về đăng ký thuế (Nghị định, Thông tư hướng dẫn về quản lý thuế, đăng ký thuế).

Thứ hai, thực hiện khấu trừ thuế và cá nhân có thu nhập chịu thuế theo quy định của Luật Thuế TNCN và Luật sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật Thuế TNCN, đồng thời có trách nhiệm thực hiện khai thuế, nộp thuế, quyết toán thuế đối với số thuế khấu trừ, nộp ngân sách nhà nước (NSNN). Thực hiện việc quyết toán thuế cho cá nhân khi được người lao động làm thủ tục ủy quyền quyết toán thuế.

Việc khai thuế, nộp thuế vào NSNN theo tháng nếu tổng số thuế khấu trừ của cá nhân theo từng loại tờ khai từ 50 triệu đồng trở lên (trừ trường hợp là đối tượng khai, nộp thuế GTGT theo quý). Các trường hợp còn lại thì khai nộp theo quý và khai quyết toán khi kết thúc năm.

Thứ ba, việc khấu trừ thuế được thực hiện theo các mức quy định như sau:

- Đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công của cá nhân có ký hợp đồng lao động, hàng tháng tổ chức, cá nhân trả thu nhập có trách nhiệm khấu trừ thuế của từng người lao động căn cứ vào thu nhập tính thuế tháng và biểu thuế luỹ tiến từng phần.

- Đối với các khoản tiền công, tiền chi khác cho cá nhân không ký hợp đồng lao động thì tổ chức, cá nhân trả thu nhập tạm khấu trừ thuế theo tỷ lệ 10% trên số thu nhập trả cho cá nhân (cá nhân có thu nhập được tạm khấu trừ thuế 10% quy định tại khoản này không phải khai thuế theo tháng).

Mức thu nhập làm cơ sở khấu trừ thuế, tạm khấu trừ theo tỷ lệ 10% thực hiện theo quy định cụ thể của Bộ Tài chính.

Thứ tư, trách nhiệm bắt buộc đối với việc khấu trừ thuế TNCN đối với cá nhân là người nước ngoài làm việc tại Việt Nam thông qua các nhà thầu.

Theo quy định của Luật Thuế TNCN, đối tượng nộp thuế TNCN là cá nhân cư trú và cá nhân không cư trú có thu nhập chịu thuế phát sinh trong lãnh thổ Việt Nam. Thực tế quản lý vừa qua cho thấy có nhiều trường hợp DN Việt Nam có nhu cầu sử dụng người lao động là chuyên gia người nước ngoài làm việc nhưng không ký hợp đồng lao động trực tiếp với cá nhân mà ký hợp đồng thuê với các tổ chức nước ngoài (thường gọi là nhà thầu) hoặc các cá nhân người nước ngoài này sang làm việc tại DN Việt Nam theo chỉ định của công ty mẹ ở nước ngoài để thực hiện một số hạng mục tại Việt Nam.

Theo quy định tại Nghị định số 34/2008/NĐ-CP về việc tuyển dụng và quản lý người nước ngoài tại Việt Nam thì bên Việt Nam có trách nhiệm yêu cầu nhà thầu nước ngoài cung cấp thông tin về người lao động để bên Việt Nam cung cấp cho cơ quan thuế chậm nhất là 7 ngày trước khi các nhân nước ngoài vào làm việc tại Việt Nam. Các cá nhân người nước ngoài này có nghĩa vụ khai nộp thuế đối với phần thu nhập phát sinh do làm việc tại Việt Nam. Tuy nhiên, do khoản thu nhập này không do DN Việt Nam chi trả mà do các nhà thầu chi trả trực tiếp, vì vậy dẫn tới khó theo dõi, quản lý thu thuế đối với các cá nhân này.

Để phù hợp thực tế và có cơ sở pháp lý đủ mạnh trong thực hiện, nay đề xuất trình Chính phủ cho bổ sung thêm khoản 3 mới vào Điều 31 nội dung: “5. Tổ chức được thành lập và hoạt động theo pháp luật Việt Nam (sau đây gọi tắt là Bên Việt Nam) có ký hợp đồng mua dịch vụ của nhà thầu nước ngoài mà nhà thầu đó có ký hợp đồng lao động với người nước ngoài làm việc tại Việt Nam thì Bên Việt Nam có trách nhiệm thông báo cho nhà thầu nước ngoài về nghĩa vụ nộp thuế TNCN của người lao động nước ngoài và về trách nhiệm cung cấp các thông tin về người lao động nước ngoài, gồm: danh sách, quốc tịch, số hộ chiếu, thời gian làm việc, công việc đảm nhận, thu nhập cho bên Việt Nam để bên Việt Nam cung cấp cho cơ quan thuế chậm nhất trước 7 ngày kể từ ngày cá nhân nước ngoài bắt đầu làm việc tại Việt Nam”.

Thứ năm, về tăng cường quản lý thu thuế đối với tổ chức có cá nhân chuyển nhượng vốn và các giao dịch chuyển nhượng chứng khoán.

- Thực tế có phát sinh trường hợp cá nhân chuyển nhượng vốn là cá nhân người nước ngoài hoặc cá nhân không cư trú, sau khi chuyển nhượng họ rời khỏi Việt Nam, không tự giác kê khai thuế. Vì vậy, cần thiết phải bổ sung quy định DN nơi cá nhân chuyển nhượng vốn chỉ được làm thủ tục thay đổi danh sách thành viên góp vốn hoặc danh sách cổ đông khi cá nhân có phần vốn chuyển nhượng cung cấp chứng từ đã hoàn thành nghĩa vụ thuế đối với hoạt động chuyển nhượng vốn.

- Về công tác thu thuế từ chuyển nhượng chứng khoán của cá nhân: Luật số 26/2012 quy định cá nhân cư trú có thu nhập từ chuyển nhượng chứng khoán được quyền lựa chọn nộp thuế TNCN theo thuế suất 20% trên thu nhập hoặc 0,1% trên giá bán chứng khoán từng lần. Đối với trường hợp cá nhân chuyển nhượng chứng khoán có đăng ký nộp thuế theo thuế suất 20% (khi quyết toán) thì vẫn phải tạm nộp thuế theo thuế suất 0,1% trên giá chuyển nhượng chứng khoán từng lần. Việc quy định tạm khấu trừ theo mức 0,1% trên mọi giao dịch chuyển nhượng chứng khoán từng lần của cá nhân nhằm đảm bảo tính kịp thời, thu đúng, thu đủ trong thu ngân sách vì vậy vẫn cần duy trì thực hiện. Trách nhiệm khấu trừ thuế thuộc về công ty chứng khoán, ngân hàng thương mại nơi cá nhân lưu ký chứng khoán, tổ chức phát hành chứng khoán.