Thực hiện chỉ đạo của Chính phủ, hiện các bộ, ngành đang triển khai công tác phối hợp trong thực hiện “Cơ chế hải quan một cửa quốc gia” và “Cơ chế một cửa ASEAN”. Thực hiện tốt nhiệm vụ này sẽ giúp cho hàng hoá qua lại cửa khẩu nhanh hơn, tiết kiệm chi phí cho doanh nghiệp và người dân.

Tháng 8/2011, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 48/2011/QĐ-TTg về triển khai thí điểm Cơ chế hải quan một cửa quốc gia tại Việt Nam. Lộ trình thực hiện thí điểm gồm 3 giai đoạn: Giai đoạn 1 (tháng 10/2011 đến tháng 12/2012) là thực hiện công tác chuẩn bị. Giai đoạn 2 (tháng 1-12/2013) thí điểm thực hiện ở các cơ quan, đơn vị thuộc Bộ Công Thương, Bộ Tài chính (Tổng cục Hải quan), Bộ Giao thông vận tải và một số cơ quan Nhà nước ở địa phương thuộc các ngành tài chính, công thương và giao thông vận tải. Giai đoạn 3, (tháng 1-12/2014) sẽ mở rộng thí điểm thực hiện ở các cơ quan thuộc Bộ Y tế, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Tài nguyên và Môi trường và một số cơ quan Nhà nước ở địa phương thuộc các ngành y tế, nông nghiệp và phát triển nông thôn, tài nguyên và môi trường.

Tháng 12 năm 2014 sẽ tổng kết việc thí điểm và đề xuất phương án triển khai chính thức Cơ chế hải quan một cửa quốc gia trong giai đoạn tiếp theo.

Theo lộ trình đó, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đang nghiên cứu, lựa chọn thí điểm 7 lĩnh vực liên quan đến xuất nhập khẩu thuộc 7 đơn vị là: Tổng cục Thủy sản, Tổng cục Lâm nghiệp, Cục Thú y, Cục Bảo vệ thực vật, Cục Trồng trọt, Cục Chăn nuôi và Cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản để đưa vào thực hiện thí điểm 7-10 thủ tục hành chính theo Cơ chế hải quan một cửa quốc gia (các đơn vị sẽ xác định, lựa chọn, đăng ký từ 01-02 thủ tục hành chính).

Để đảm bảo kế hoạch triển khai và thực hiện lộ trình thí điểm của Bộ đến tháng 7/2014 kết nối được với hệ thống hải quan một cửa quốc gia, đáp ứng yêu cầu và chất lượng, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn yêu cầu các đơn vị tham gia thí điểm Cơ chế hải quan một cửa quốc gia  cần rà soát, lựa chọn và chuẩn hóa các quy trình thủ tục hành chính đăng ký tham gia thí điểm và chuẩn bị các điều kiện cần thiết để sẵn sàng thực hiện thí điểm, đồng thời,  yêu cầu các đơn vị này phối hợp thực hiện khảo sát thực tế hạ tầng công nghệ thông tin của đơn vị để chuẩn bị cho việc xây dựng dự án thí điểm, kết nối Cổng Thông tin điện tử một cửa quốc gia. Cụ thể:

- Các đơn vị xây dựng, trình Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ban hành Kế hoạch triển khai và lộ trình thực hiện thí điểm Cơ chế hải quan một cửa quốc gia của Bộ.

- Tổ chức khảo sát hạ tầng công nghệ thông tin của Bộ và tại các đơn vị triển khai thí điểm cơ chế hải quan một cửa quốc gia, thống nhất các tiêu chuẩn kỹ thuật về công nghệ thông tin để kết nối với Cổng thông tin một cửa quốc gia.

- Triển khai các nội dung công việc chuẩn bị đầu tư và xác định đơn vị chủ đầu tư, lập dự án đầu tư tổng thế.

- Lập dự toán kinh phí triển khai thí điểm cơ chế hải quan một cửa quốc gia, xây dựng dự toán chi tiết kinh phí triển khai năm 2013 và kế hoạch kinh phí năm 2014 để làm cơ sở cho Bộ xác định và phân bổ nguồn kinh phí thực hiện.

- Cục Thú y, Cục Bảo vệ thực vật tăng cường phối hợp với Tổng cục Hải quan đẩy nhanh tiến độ, hoàn thiện danh mục các loại hàng hoá nhập khẩu thuộc diện quản lý chuyên ngành theo mã số HS theo quy định tại Nghị định số 12/2006/NĐ-CP ngày 23/01/2006 của Chính phủ.

Tuy nhiên, vẫn còn vướng mắc trong cơ chế tài chính để thực hiện cơ chế một cửa và công tác phối kết hợp giữa các bộ, ngành và giữa các cơ quan liên quan trong từng bộ, ngành.

Vì vậy, Phó Thủ tướng Vũ Văn Ninh đã chỉ đạo các bộ, ngành liên quan cần tích cực chủ động triển khai công việc được giao, phải thấy mình cần quản lý lĩnh vực nào để đưa ra các yêu cầu phù hợp cho công tác quản lý. Trên cơ sở đó, Ban Chỉ đạo quốc gia sẽ tổng hợp, đưa ra phương án hài hoà nhằm tránh chồng chéo về nghiệp vụ và đầu tư.

Cho đến nay, Ban Chỉ đạo và đại diện các bộ, ngành đánh giá về cơ bản, các nhiệm vụ nói trên đang được tiến hành theo tiến độ.