Từ giữa năm 2010, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 51/2010/NĐ- CP về hoá đơn bán hàng hoá, cung ứng dịch vụ, trong đó quy định thêm hình thức hoá đơn mới là hoá đơn điện tử. Tiếp đó, đầu năm 2011, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 32/2011/TT- BTC hướng dẫn về khởi tạo, phát hành và sử dụng hoá đơn điện tử bán hàng hoá, cung ứng dịch vụ có hiệu lực từ ngày 1/5/2011. Đây là những quy định pháp lý quan trọng để các doanh nghiệp có thể thực hiện sử dụng hóa đơn điện tử trong hoạt động kinh doanh. 

Tuy nhiên, do những hạn chế về hạ tầng công nghệ cũng như thói quen sử dụng hóa đơn giấy của các doanh nghiệp nên cho đến nay, việc sử dụng hóa đơn điện tử vẫn còn là điều xa lạ với đa phần các doanh nghiệp trong nước. Trước thực trạng này, Tổng cục Thuế đã đã lựa chọn một số lĩnh vực, doanh nghiệp có điều kiện nhất định về hạ tầng công nghệ thông tin, đã thực hiện một số hình thức giao dịch điện tử, thực hiện khai thuế qua mạng internet và đang sử dụng khối lượng hóa đơn giấy lớn thuộc các lĩnh vực viễn thông, hàng không, điện lực, ngân hàng để triển khai thí điểm hóa đơn điện tử. 

Tại buổi tổng kết việc thí điểm ứng dụng hóa đơn điện tử vừa được tổ chức, Tổng cục Thuế cho biết, ứng dụng hóa đơn điện tử đã mang lại những hiệu quả tích cực cho các doanh nghiệp thực hiện thí điểm. Quá trình triển khai đã nhận được sự hưởng ứng tích cực từ phía các khách hàng.

Tập đoàn Điện lực Việt Nam (EVN) đã ứng dụng thí điểm hóa đơn điện tử tại 3 công ty điện lực thuộc Tổng công ty Điện lực TP Hồ Chí Minh với số khách hàng trên 197.000 người. Tổng công ty Hàng không Việt Nam sử dụng vé điện tử trong hoạt động vận chuyển hàng không, tạo thuận lợi cho khách hàng tham gia vận chuyển, tiết kiệm chi phí và phù hợp với thông lệ quốc tế.

Một đơn vị khác đã triển khai ứng dụng hóa đơn điện tử là Công ty Điện toán và truyền số liệu (VDC) thuộc Tập đoàn Bưu chính Viễn thông Việt Nam (VNPT). VDC thực hiện triển khai thí điểm xuất hóa đơn điện tử cho khách hàng sử dụng dịch vụ Viễn thông - Công nghệ thông tin cước trả sau tại Trung tâm dịch vụ giá trị gia tăng (VDCOnline) từ 01/04/2013.

Bước đầu, hệ thống vận hành ổn định, VDC đã xuất hóa đơn điện tử thành công cho các khách hàng sử dụng dịch vụ. Hiện, VDC đang tiếp tục triển khai thử nghiệm giải pháp hóa đơn điện tử tại Trung tâm Điện toán và truyền số liệu khu vực I, II, III và Trung tâm Công nghệ thông tin VDCIT.

Theo lãnh đạo Tổng cục Thuế, việc triển khai thí điểm hóa đơn điện tử bước đầu đã mang lại nhiều lợi ích xã hội, hiệu quả thiết thực về thời gian và chi phí cho doanh nghiệp và phù hợp với xu thế phát triển và hội nhập quốc tế. Năm 2014 Tổng cục Thuế sẽ tiến hành triển khai rộng rãi hơn việc sử dụng hóa đơn điện tử ở các đơn vị trên địa bàn cả nước. Hoạt động này sẽ góp phần tiếp tục giảm thủ tục hành chính thuế thông qua việc rút gọn các thủ tục đăng ký phát hành, báo cáo tình hình sử dụng, lập bảng kê hóa đơn; ngăn chặn và kiểm soát việc sử dụng hóa đơn giả để trốn thuế.

Một số chuyên gia cho rằng, rào cản lớn nhất trong việc triển khai rộng rãi hóa đơn điện tử là do nền tảng công nghệ thông tin của nhiều doanh nghiệp, đặc biệt là các doanh nghiệp nhỏ và vừa còn chưa bảo đảm. Những doanh nghiệp tham gia thí điểm đều là những doanh nghiệp lớn, có nền tảng hạ tầng công nghệ thông tin vào loại tốt trong khi nhiều doanh nghiệp khác còn tương đối yếu.

Mặt khác, việc ứng dụng hóa đơn điện tử đồng nghĩa với việc công khai, minh bạch thông tin kinh doanh của doanh nghiệp, đây cũng là lý do “nhạy cảm” khiến nhiều doanh nghiệp chưa mặn mà. Hơn nữa, công nghệ liên quan đến hóa đơn điện tử cũng cần phải tiếp tục hoàn thiện và thống nhất; một số quy định liên quan đến quy trình, thủ tục còn chưa rõ ràng. Để có thể triển khai rộng rãi ứng dụng hóa đơn điện tử, cần có giải pháp xử lý những tồn tại này.