Xét về mặt quản lý, hàng hóa kinh doanh TNTX cần quản lý chặt khi TN còn khi TX lại cần mở rộng thông thoáng để tạo điều kiện thuận lợi tốt nhất cho hàng hóa TX nhanh ra khỏi Việt Nam. Hơn nữa, những lo ngại về việc lợi dụng gian lận thuế trong hoạt động này được xử lý bằng Luật sửa đổi, bổ sung một số điều Luật Quản lý thuế.

Theo quy định tại Luật này, kể từ ngày 1/7/2013, hàng hóa TNTX phải nộp thuế hoặc phải có bảo lãnh thuế trước khi thông quan. Do đó, những lo ngại về vấn đề gian lận thuế căn bản đã được giải quyết.

Thực tế thời gian qua, nhiều địa phương đã kiến nghị cho TX hàng hóa qua các cửa khẩu phụ, lối mở để đáp ứng nhu cầu giao thương hàng hóa và giúp ứng phó linh hoạt trong điều hành khi có những thay đổi bất thường trong chính sách quản lý xuất nhập hàng hóa của một số nước láng giềng.

Vì vậy, cần điều chỉnh theo hướng đối với các loại hàng hóa thông thường, ngoài cửa khẩu quốc tế, cảng quốc tế, cửa khẩu chính, được TX qua các cửa khẩu phụ, điểm thông quan được Thủ tướng Chính phủ thành lập đã có đủ cơ quan kiểm soát chuyên ngành, không phân biệt cửa khẩu phụ nằm trong hay ngoài khu kinh tế cửa khẩu.

Ngoài ra, để đảm bảo cải cách thủ tục hành chính, giảm cơ chế xin-cho trong việc quản lý đường đi của hàng hóa TNTX, theo Bộ Công Thương cần quy định cơ chế xác định công bố rõ ràng, cụ thể là UBND cấp tỉnh nơi có cửa khẩu chịu trách nhiệm chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành liên quan để xác định và công bố công khai để hàng hóa của thương nhân được TX, không phải xin phép.

Cũng liên quan đến việc quản lý loại hình kinh doanh TNTX, trong dự thảo Nghị định, Bộ Công Thương bổ sung quy định: Đối với hàng hóa khác (hàng hóa thông thường, không thuộc danh mục TNTX theo giấy phép, hàng hóa TNTX có điều kiện) thì được TX qua các cửa khẩu phụ ngoài các khu kinh tế cửa khẩu đã có đủ cơ quan kiểm soát chuyên ngành theo quy định.

UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi có cửa khẩu chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành liên quan công bố các cửa khẩu phụ nằm ngoài khu kinh tế cửa khẩu trên địa bàn được phép TX hàng hóa để thương nhân biết và thực hiện.

Theo Tổng cục Hải quan, phương án quy định về cửa khẩu TX hàng hóa tại Khoản 8 Điều 11 Dự thảo Nghị định thay thế Nghị định 12/2006/NĐ-CP là phù hợp. Tuy nhiên, Tổng cục Hải quan cho rằng, Bộ Công Thương cần làm rõ thế nào là “hàng hóa khác” để tránh các cách hiểu khác nhau.

Bộ Công Thương cũng cần cân nhắc “hàng hóa khác” có bao gồm các mặt hàng có chính sách quản lý theo hạn ngạch thuế quan như: Mặt hàng đường, gạo… đồng thời, cần quy định rõ ngoài điều kiện có đủ lực lượng kiểm tra chuyên ngành thì phải đảm bảo cơ sở vật chất để các lực lượng có thể thực hiện tốt chức năng quản lý nhà nước đối với lĩnh vực, nhiệm vụ được phân công.