Luật Thuế GTGT sửa đổi năm 2013 bắt đầu có hiệu lực từ ngày 1/1/2014 đã có những thay đổi về đối tượng áp dụng các phương pháp tính thuế GTGT. 

Đối tượng áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT là các cơ sở kinh doanh thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ bao gồm: Cơ sở kinh doanh có doanh thu hàng năm từ bán hàng hoá, cung ứng dịch vụ từ một tỷ đồng trở lên, trừ hộ, cá nhân kinh doanh; Cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế, trừ hộ, cá nhân kinh doanh.

Đối tượng áp dụng phương pháp tính trực tiếp trên GTGT bao gồm: Các hoạt động kinh doanh, chế tác vàng, bạc, đá quý. Giá trị gia tăng được xác định bằng giá thanh toán của vàng, bạc, đá quý bán ra trừ giá thanh toán của vàng, bạc, đá quý mua vào tương ứng; Hộ, cá nhân kinh doanh; Doanh nghiệp, hợp tác xã có doanh thu hàng năm dưới mức ngưỡng doanh thu một tỷ đồng mà không tự nguyện đăng ký áp dụng phương pháp khấu trừ thuế; Tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh không có cơ sở thường trú tại Việt Nam nhưng có doanh thu phát sinh tại Việt Nam chưa thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ; Tổ chức kinh tế khác không tự nguyện đăng ký áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.

Trừ hoạt động kinh doanh, chế tác vàng, bạc, đá quý, số thuế GTGT phải nộp theo phương pháp tính trực tiếp trên GTGT bằng tỷ lệ % nhân với doanh thu, tỷ lệ % được xác định bằng: Phân phối, cung cấp hàng hoá: 1%; Dịch vụ, xây dựng không bao thầu nguyên vật liệu: 5%; Sản xuất, vận tải, dịch vụ có gắn với hàng hoá, xây dựng có bao thầu nguyên vật liệu: 3%; Hoạt động kinh doanh khác: 2%.

Như vậy, kể từ năm 2014 các doanh nghiệp muốn áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT phải gửi đăng ký theo Mẫu số 06/GTGT được ban hành kèm Thông tư số 156 ban hành 2013 của Bộ Tài Chính. Nếu không tự nguyện đăng ký và mức doanh thu đạt dưới 01 tỷ đồng thì phải áp dụng phương pháp tính trực tiếp trên GTGT.

Đối với các doanh nghiệp không đăng ký áp dụng phương pháp khấu trừ thuế và có mức doanh thu năm 2013 dưới 01 tỷ đồng thì phải chuyển sang áp dụng phương pháp sử dụng trực tiếp. Các doanh nghiệp này không được sử dụng hoá đơn GTGT mà thay vào đó là sử dụng hoá đơn bán hàng khi bán hàng hoá, cung ứng dịch vụ.