Theo quy định, chứng từ thu phí sử dụng đường bộ tại các trạm thu phí đường Quốc lộ 51 thực hiện theo quy định tại Điều 9 Thông tư số 159/2013/TT-BTC. Đơn vị được giao nhiệm vụ tổ chức thu phí thực hiện việc đăng ký mẫu chứng từ thu phí phù hợp với mức phí quy định tại Điều 2 và quy trình thu, nộp phí quy định tại Điều 3 Thông tư này.

Mức phí cụ thể đối với xe dưới 12 ghế ngồi, xe tải có tải trọng dưới 2 tấn và các loại xe buýt vận tải khách công cộng là 20.000 đồng/vé/lượt, 600.000 đồng/vé/tháng, 1.600.000 đồng/vé/quý. Xe từ 12 ghế ngồi đến 30 ghế ngồi, xe tải có tải trọng từ 2 tấn đến dưới 4 tấn phải nộp phí là 30.000 đồng/vé/lượt, 900.000 đồng/vé/tháng, 2.400.000 đồng/vé/quý.

Đối với xe từ 31 ghế ngồi trở lên, xe tải có tải trọng từ 4 tấn đến dưới 10 tấn, mức thu là 44.000 đồng/vé/lượt, 1.320.000 đồng/vé/tháng, 3.600.000 đồng/vé/quý; xe tải có tải trọng từ 10 tấn đến dưới 18 tấn và xe chở hàng bằng container 20 fit có mức thu là 80.000 đồng/vé/lượt, 2.400.000 đồng/vé/tháng, 16.400.000 đồng/vé/quý...

Phí sử dụng đường bộ các trạm thu phí đường Quốc lộ 51 được thu, nộp, quản lý và sử dụng theo quy định tại Điều 8 Thông tư số 159/2013/TT-BTC. Tổng số tiền thu phí hàng năm sau khi trừ chi tổ chức thu và trừ các khoản thuế theo quy định được xác định là khoản tiền thu phí hoàn vốn theo phương án tài chính của Hợp đồng BOT.

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày  20/8/2014. Thời gian bắt đầu thu phí Trạm T2 kể từ khi Bộ Giao thông vận tải ban hành Quyết định cho phép thu phí Trạm T2, sau khi thực hiện kiểm tra thực tế và đủ điều kiện thu phí theo quy định. Liên 3 chứng từ thu phí chỉ được phép sử dụng khi triển khai thu phí trạm T2.

Đồng thời, bãi bỏ Thông tư số 134/2012/TT-BTC ngày 13/8/2012 của Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí sử dụng đường bộ các trạm thu phí đường Quốc lộ 51.