Theo Thông tư trên, doanh nghiệp có tổng thời gian hoạt động sản xuất kinh doanh kể từ khi thành lập đến hết kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2012 không đủ 12 tháng hoặc kỳ tính thuế đầu tiên của năm 2012 nhiều hơn 12 tháng theo quy định thì doanh thu làm căn cứ xác định doanh nghiệp được áp dụng thuế suất 20% quy định tại khoản này là doanh thu bình quân tháng của kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2012 không vượt quá 1,67 tỷ đồng.

Trường hợp doanh nghiệp mới thành lập trong 6 tháng đầu năm 2013 thì doanh thu làm căn cứ xác định doanh nghiệp được áp dụng thuế suất 20% quy định tại khoản này là doanh thu bình quân của các tháng đầu năm 2013 tính đến hết ngày 30/6 năm 2013 không vượt quá 1,67 tỷ đồng.

Đối với doanh nghiệp mới thành lập kể từ ngày 01/07/2013 thực hiện kê khai tạm tính quý theo thuế suất 25% (trừ trường hợp thuộc diện được hưởng ưu đãi về thuế). Kết thúc năm tài chính nếu doanh thu bình quân của các tháng trong năm không vượt quá 1,67 tỷ đồng thì doanh nghiệp quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp của năm tài chính theo thuế suất 20%.

Thông tư cũng quy định rõ các khoản thu nhập không được áp dụng mức thuế suất 20% bao gồm:

Một là, thu nhập từ chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng quyền góp vốn; thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản (trừ thu nhập từ đầu tư - kinh doanh nhà ở xã hội), thu nhập từ chuyển nhượng dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác khoáng sản; thu nhập nhận được từ hoạt động sản xuất, kinh doanh ở ngoài Việt Nam;

Hai là, thu nhập từ hoạt động tìm kiếm, thăm dò, khai thác dầu, khí, tài nguyên quý hiếm khác và thu nhập từ hoạt động khai thác khoáng sản;

Ba là, thu nhập từ kinh doanh dịch vụ thuộc diện chịu thuế tiêu thụ đặc biệt theo quy định của Luật thuế tiêu thụ đặc biệt.

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 30/11/2013 và áp dụng cho các kỳ khai thuế thu nhập doanh nghiệp và thuế giá trị gia tăng kể từ ngày 01/7/2013.