Thứ hai, việc xác định tiền thuê đất khi được nhà nước cho thuê đất trong trường hợp đất có nguồn gốc nhận chuyển nhượng, chuyển mục đích sử dụng đất và khi điều chỉnh quy hoạch xây dựng làm phát sinh nghĩa vụ tài chính đất đai; cụ thể:

- Nếu nhận chuyển nhượng hợp pháp đất nông nghiệp để thực hiện dự án đầu tư mà phải chuyển mục đích sử dụng đất sau khi nhận chuyển nhượng và phải thực hiện nghĩa vụ tài chính về nộp tiền thuê đất thì được trừ số tiền đã trả để nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất vào số tiền thuê đất phải nộp; số tiền này được xác định theo giá đất của mục đích đất nhận chuyển nhượng tại thời điểm được chuyển mục đích.

- Nếu chuyển mục đích sử dụng từ đất sản xuất, kinh doanh phi nông nghiệp do nhận chuyển nhượng sang đất thương mại, dịch vụ thì số tiền đã trả để nhận chuyển nhượng được trừ vào số tiền thuê đất phải nộp nếu lựa chọn hình thức thuê đất nếu lựa chọn hình thức thuê đất trả tiền một lần và được quy đổi ra thời gian đã hoàn thành nghĩa vụ nộp tiền thuê đất tại thời điểm được chuyển mục đích nếu lựa chọn hình thức thuê đất hàng năm.

- Nếu chuyển mục đích sử dụng từ đất nông nghiệp (trong hạn mức) được giao sang đất sản xuất kinh doanh phi nông nghiệp thì được trừ giá trị quyền sử dụng đất nông nghiệp vào tiền thuê đất phải nộp theo nguyên tắc: nếu giá đất để xác định đơn giá thuê đất được xác định theo phương pháp hệ số điều chỉnh hoặc phương pháp so sánh trực tiếp, chiết trừ, thu nhập, thặng dư thì giá đất nông nghiệp cũng được xác định theo phương pháp đó.

- Nếu được Nhà nước cho thuê đất trả tiền một lần có hoặc không thông qua đấu giá và đã nộp tiền thuê đất hoặc tiền trúng đấu giá nhưng trong quá trình thực hiện dự án, nhà đầu tư được Nhà nước đề nghị thay đổi quy hoạch xây dựng chi tiết dẫn đến tăng hoặc giảm hệ số sử dụng đất (mật độ xây dựng, chiều cao của công trình) thì thực hiện thu bổ sung vào ngân sách nhà nước hoặc được ngân sách hoàn trả lại số tiền sử dụng đất được xác định theo chênh lệch giữa tiền thuê đất tính theo giá đất xác định theo phương pháp so sánh trực tiếp, chiết trừ, thu nhập, thặng dư hoặc hệ số điều chỉnh giá đất của quy hoạch xây dựng chi tiết trước và sau khi điều chỉnh tại cùng thời điểm được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép thay đổi quy hoạch xây dựng.

Thứ ba, việc thực hiện bồi thường giải phóng mặt bằng do nhà nước chủ động thu hồi, tạo quỹ đất sạch để giao đất, cho thuê đất thông qua hình thức đấu giá hoặc không đấu giá. Tuy nhiên, do khả năng của ngân sách có hạn và thực tế quy mô của Quỹ phát triển đất không đáp ứng được việc giải phóng mặt bằng nhưng vẫn phải đảm bảo nguyên tắc bảo toàn vốn cho Quỹ nên việc hoàn trả tiền bồi thường giải phóng mặt bằng được quy định trong từng trường hợp sau:

- Quỹ phát triển đất ứng vốn cho tổ chức làm nhiệm vụ bồi thường, giải phóng mặt bằng tạo quỹ đất sạch để cho thuê thì nhà đầu tư phải nộp tiền thuê đất vào ngân sách nhà nước nếu không thuộc trường hợp được miễn, giảm tiên thuê đất.

Trường hợp không cân đối được ngân sách để thực hiện bồi thường, giải phóng mặt bằng, khi cho thuê đất theo hình thức trả tiền thuê đất hàng năm, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh xem xét, quyết định việc người được Nhà nước cho thuê đất trả trước tiền thuê đất tương ứng với số tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt và số tiền này được quy đổi ra số năm, tháng hoàn thành nghĩa vụ nộp tiền thuê đất hàng năm.

- Quỹ phát triển đất ứng vốn cho tổ chức làm nhiệm vụ bồi thường, giải phóng mặt bằng tạo quỹ đất sạch để cho thuê và thuộc trường hợp được miễn toàn bộ tiền thuê đất thì nhà đầu tư phải hoàn ứng chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng thẳng vào ngân sách nhà nước và khoản chi phí này được tính vào vốn đầu tư của dự án.

- Quỹ phát triển đất ứng vốn cho tổ chức làm nhiệm vụ bồi thường, giải phóng mặt bằng tạo quỹ đất sạch để cho thuê và thuộc trường hợp được miễn, giảm một phần tiền thuê đất thì nhà đầu tư phải hoàn ứng chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng thẳng vào ngân sách nhà nước và được trừ vào số tiền thuê đất phải nộp trong trường hợp thuê đất trả tiền thuê đất một lần cho cả thời gian thuê hoặc được quy đổi ra số năm, tháng hoàn thành nghĩa vụ nộp tiền thuê đất đối với trường hợp thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm theo chính sách và giá đất tại thời điểm được Nhà nước cho thuê đất; số tiền còn lại (nếu có) được tính vào vốn đầu tư của dự án.

- Nếu nhà đầu tư tự nguyện ứng trước tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt thì được trừ số tiền đã ứng trước vào tiền thuê đất phải nộp theo phương án được phê duyệt.

Thứ tư, về quy trình, thủ tục xác định đơn giá thuê đất và thu nộp tiền thuê đất theo Thông tư này đã đơn giản và rút ngắn quy trình so với quy định trước đây; cụ thể:

- Đối với thuê đất mới: Cơ quan thuế xác định đơn giá thuê đất và số tiền thuê đất phải nộp trên cơ sở quyết định cho thuê, hồ sơ địa chính do cơ quan tài nguyên và môi trường chuyển đến và khoản tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng, tiền nhận chuyển nhượng được trừ vào tiền thuê đất do cơ quan tài chính xác định.

- Đối với trường hợp điều chỉnh lại đơn giá thuê đất: Cơ quan Thuế căn cứ giá đất tại Bảng giá đất, hệ số điều chỉnh giá đất, mức tỷ lệ (%) do UBND tỉnh ban hành thực hiện xác định lại đơn giá thuê đất và thông báo số tiền thuê đất phải nộp hàng năm của chu kỳ ổn định tiếp theo.