Theo đó, việc cấp giấy phép nhập khẩu thuốc và nguyên liệu thuốc bảo vệ thực vật (BVTV); cấp giấy chứng nhận lưu hành tự do đối với thuốc BVTV xuất khẩu; cấp giấy phép kiểm dịch thực vật nhập khẩu; cấp giấy chứng nhận lưu hành tự do đối với sản phẩm có nguồn gốc thực vật xuất khẩu; cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện hành nghề xử lý vật thể kiểm dịch xuất nhập khẩu; cấp chứng chỉ hành nghề xử lý vật thể kiểm dịch xuất nhập khẩu; cấp thẻ hành nghề xử lý vật thể kiểm dịch xuất nhập khẩu… đều có mức lệ phí cấp phép là 300.000 đồng/lần.

Phí thẩm định cấp giấy phép nhập khẩu thuốc BVTV là 1.000.000 đồng/lần, các loại phí kiểm dịch thực vật xuất, nhập khẩu đối với lô hàng nhỏ; lô hàng lớn là cây giống, cành ghép, mắt ghép, hom giống tính theo đơn vị cá thể; lô hàng lớn tính theo khối lượng… đều tăng so với các mục phí quy định tại Thông tư 110/2003/TT-BTC.

Theo Thông tư mới, doanh nghiệp, cá nhân sẽ đóng thêm phí cho các hoạt động khác như phí kiểm tra an toàn thực phẩm.  

Đối tượng nộp phí, lệ phí là các tổ chức, cá nhân (không phân biệt trong nước hay ngoài nước) khi được cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền thực hiện các công việc về bảo vệ, kiểm dịch thực vật, quản lý thuốc BVTV, kiểm tra an toàn thực phẩm và các hoạt động khác trong lĩnh vực BVTV.

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 07/02/2013.