Theo đó, về mức phí sơ tuyển (đối với trường có tổ chức sơ tuyển trước khi thi chính thức), mức phí sơ tuyển đối với các ngành năng khiếu hiện là 100.000 đồng/hồ sơ được nâng lên 120.000 đồng/hồ sơ; còn sơ tuyển đối với các ngành khác được nâng từ 40.000 đồng/hồ sơ lên 50.000 đồng/hồ sơ (bao gồm tất cả các môn).
 
Đối với lệ phí dự thi, Thông tư nâng phí dự thi văn hoá từ 30.000 đồng/hồ sơ lên 45.000 đồng/hồ sơ; phí dự thi năng khiếu là 300.000 đồng/hồ sơ thay cho mức 200.000 đồng/hồ sơ (bao gồm tất cả các môn).
 
Mức thu phí với thí sinh thuộc diện xét tuyển hoặc tuyển thẳng vào các trường đại học, cao đẳng, trung cấp chuyên nghiệp là 30.000 đồng/hồ sơ.
 
Thi tuyển sinh đào tạo sau đại học, đại học, cao đẳng, trung cấp chuyên nghiệp phí đăng ký dự thi cũng tăng từ 50.000 lên mức 60.000 đồng/thí sinh/hồ sơ, phí dự thi cao học tăng từ 100.000 lên 120.000 đồng/thí sinh/môn dự thi.
 
Phí dự tuyển nghiên cứu sinh vẫn giữ ở mức 200.000 đồng/thí sinh và đối với tuyển sinh đào tạo ở nước ngoài bằng ngân sách nhà nước, phí đăng ký xét tuyển cũng giữ nguyên ở mức 200.000 đồng/thí sinh/hồ sơ.
 
Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 25/4/2013 và áp dụng cho các kỳ tuyển sinh từ năm 2013.