Theo Thông tư trên, thời hạn doanh nghiệp được hưởng chế độ ưu tiên lần đầu là 03 năm (ba mươi sáu tháng) kể từ ngày Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ký Quyết định áp dụng chế độ ưu tiên đối với doanh nghiệp (Trước đó, Thông tư số 86/2013/TT-BTC quy định thời hạn này là 24 tháng). Sau thời hạn này, Tổng cục Hải quan thực hiện đánh giá lại, nếu doanh nghiệp vẫn đáp ứng các điều kiện quy định thì được gia hạn áp dụng chế độ ưu tiên.

Thông tư cũng sửa đổi các mẫu ban hành kèm theo Thông tư số 86/2013/TT-BTC như sau: Sửa mẫu 03/DNUT - Bản ghi nhớ về việc công nhận doanh nghiệp ưu tiên; Sửa mẫu 04/DNUT - Quyết định về việc công nhận doanh nghiệp ưu tiên; Sửa mẫu 09b/DNUT về báo cáo số liệu, tình hình nhập khẩu quý…năm…

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 24/09/2013.