Thông tư hướng dẫn cụ thể về Chính sách hỗ trợ địa phương sản xuất lúa; Chính sách hỗ trợ người sản xuất lúa; Quản lý, sử dụng kinh phí cải tạo nâng cao chất lượng đất trồng lúa và phát triển quỹ đất trồng lúa; Lập dự toán, chấp hành và quyết toán kinh phí. Theo đó, đối với các năm trong thời kỳ ổn định ngân sách 2012-2015, ngân sách trung ương hỗ trợ bổ sung có mục tiêu cho ngân sách địa phương để sản xuất lúa như sau: Hỗ trợ 500.000 đồng/ha/năm đối với đất chuyên trồng lúa nước; Hỗ trợ 100.000 đồng/ha/năm đối với đất lúa khác, trừ đất lúa nương được mở rộng tự phát không theo quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất trồng lúa. Diện tích đất trồng lúa được hỗ trợ căn cứ vào số liệu thống kê đất đai của các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương do Bộ Tài nguyên và Môi trường công bố của năm liền kề trước năm xây dựng kế hoạch phân bổ ngân sách.

Hàng năm ngân sách nhà nước hỗ trợ người sản xuất lúa từ nguồn kinh phí chi thường xuyên với mức hỗ trợ như sau: Hỗ trợ 500.000 đồng/ha/năm cho tổ chức, hộ gia đình, cá nhân sản xuất lúa trên đất chuyên trồng lúa nước; Hỗ trợ 100.000 đồng/ha/năm cho tổ chức, hộ gia đình, cá nhân sản xuất lúa trên đất lúa khác trừ đất lúa nương được mở rộng tự phát không theo quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất trồng lúa. Người sản xuất lúa sử dụng kinh phí được hỗ trợ để phát triển sản xuất lúa có hiệu quả (ứng dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật, quy trình sản xuất mới; đầu tư giống, phân bón, thuốc bảo vệ thực vật;…) nhằm nâng cao năng suất và chất lượng lúa, góp phần xây dựng nông thôn mới.

Thông tư quy định đối tượng, điều kiện hưởng hỗ trợ là tổ chức, hộ gia đình, cá nhân trực tiếp sản xuất lúa trên diện tích đất nằm trong quy hoạch đất trồng lúa. Hồ sơ, trình tự, thủ tục hỗ trợ: Người sản xuất lúa làm đơn đề nghị hỗ trợ gửi Uỷ ban nhân dân cấp xã nơi sản xuất lúa để rà soát, kiểm tra và tổng hợp danh sách và gửi toàn bộ hồ sơ về Phòng chuyên môn thực hiện chức năng quản lý nhà nước về nông nghiệp cấp huyện (gọi tắt là Phòng chuyên môn cấp huyện). Phòng chuyên môn cấp huyện chủ trì phối hợp với Phòng Tài chính - Kế hoạch cấp huyện thẩm định hồ sơ, tổng hợp báo cáo Ủy ban nhân dân cấp huyện để gửi báo cáo về Sở Tài chính và Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.

Trên cơ sở đó, Sở Tài chính chủ trì, phối hợp với Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tổng hợp, báo cáo Ủy ban nhân dân cấp tỉnh về tình hình thực hiện chính sách hỗ trợ người sản xuất lúa trên địa bàn để Ủy ban nhân dân cấp tỉnh phê duyệt và giao Ủy ban ngân dân cấp huyện ra quyết định  về danh sách và mức hỗ trợ cho từng tổ chức, hộ gia đình, cá nhân sản xuất lúa.

Trường hợp người sản xuất lúa bị thiệt hại do thiên tai, dịch bệnh thì được ngân sách nhà nước hỗ trợ phân bón và thuốc bảo vệ thực vật như sau: Đối với diện tích gieo cấy trong phạm vi 45 ngày bị thiệt hại trên 70%, hỗ trợ 2.500.000 đồng/ha; bị thiệt hại từ 30-70%, hỗ trợ 1.750.000 đồng/ha; Đối với diện tích gieo cấy trên 45 ngày bị thiệt hại trên 70%, hỗ trợ 5.000.000 đồng/ha; bị thiệt hại từ 30-70%, hỗ trợ 3.500.000 đồng/ha. Việc tổ chức thực hiện hỗ trợ phân bón, thuốc bảo vệ thực vật cho người sản xuất lúa bị thiệt hại do thiên tai, dịch bệnh áp dụng theo quy định tại Điều 5 Thông tư số 187/2010/TT-BTC ngày 22/11/2010 của Bộ Tài chính quy định về cơ chế, chính sách hỗ trợ giống cây trồng, vật nuôi, thuỷ sản để khôi phục sản xuất vùng bị thiệt hại do thiên tai, dịch bệnh.

Mức hỗ trợ khai hoang, cải tạo đất trồng lúa: Hỗ trợ 70% chi phí khai hoang, cải tạo đất chưa sử dụng thành đất trồng lúa hoặc cải tạo đất lúa khác thành đất chuyên trồng lúa nước; Hỗ trợ 100% giống lúa trong năm đầu để sản xuất trên diện tích đất trồng lúa mới khai hoang; Hỗ trợ 70% giống lúa trong năm đầu để sản xuất trên diện tích đất lúa khác được cải tạo thành đất chuyên trồng lúa nước.

Mức hỗ trợ chi phí khai hoang, cải tạo đất và giống lúa do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định; kinh phí hỗ trợ từ nguồn tổ chức, cá nhân nộp cho địa phương theo quy định tại Khoản 2 Điều này; trường hợp, kinh phí tổ chức cá nhân nộp không đảm bảo nhu cầu kinh phí hỗ trợ khai hoang, cải tạo đất, các địa phương khó khăn về ngân sách gửi văn bản đề nghị ngân sách trung ương hỗ trợ theo quy định tại Khoản 5, Điều 11 của Nghị định số 42/2012/NĐ-CP.