Cụ thể, sửa đổi, bổ sung quy định về việc thanh toán các khoản phí phát hành, thanh toán trái phiếu cho Kho bạc Nhà nước được hưởng quy định tại điểm a khoản 6 Mục II Thông tư số 107/2008/TT-BTC.

Theo đó, đối với các khoản phí phát hành, hoán đổi trái phiếu Chính phủ Kho bạc Nhà nước được hưởng theo chế độ quy định, thực hiện như sau: Hàng năm, căn cứ kế hoạch nhiệm vụ huy động vốn thông qua phát hành trái phiếu Chính phủ, nhiệm vụ hoán đổi trái phiếu Chính phủ đã giao Kho bạc Nhà nước thực hiện, Bộ Tài chính giao dự toán chi ngân sách nhà nước cho Kho bạc Nhà nước để thực hiện nhiệm vụ phát hành và hoán đổi trái phiếu Chính phủ.

Căn cứ dự toán chi ngân sách nhà nước được Bộ Tài chính giao, định kỳ hàng quý Kho bạc Nhà nước thực hiện tạm trích tài khoản ngân sách trung ương số phí Kho bạc Nhà nước được hưởng và hạch toán chi ngân sách trung ương theo quy định; đồng thời tổng hợp, báo cáo Bộ Tài chính về tình hình trích để chi trả các khoản phí phát hành, thanh toán, hoán đổi trái phiếu Chính phủ (bao gồm cả phần trích phí cho Kho bạc Nhà nước và trích cho các đối tượng khác).

Mức tạm trích tối đa không vượt quá mức phí Kho bạc Nhà nước được hưởng theo chế độ quy định tính trên kết quả thực hiện phát hành, hoán đổi trái phiếu Chính phủ thành công trong quý và tổng số kinh phí tạm trích phải trong phạm vi dự toán chi ngân sách được giao. Trường hợp số phí Kho bạc Nhà nước được hưởng theo chế độ vượt dự toán chi ngân sách nhà nước đã giao cả năm, Kho bạc Nhà nước báo cáo Bộ Tài chính xem xét, quyết định giao dự toán bổ sung cho Kho bạc Nhà nước.  

Kết thúc năm, Kho bạc Nhà nước báo cáo quyết toán kết quả thực hiện phát hành, hoán đổi trái phiếu Chính phủ; số kinh phí Kho bạc Nhà nước được hưởng phục vụ công tác phát hành, thanh toán, hoán đổi trái phiếu Chính phủ; số kinh phí Kho bạc Nhà nước đã tạm trích và việc quản lý, sử dụng số kinh phí này với Bộ Tài chính để xét duyệt theo quy định.

Trường hợp số phí đã tạm trích lớn hơn số kinh phí được duyệt chính thức thì số đã trích thừa phải nộp trả ngân sách trung ương theo quy định. Trường hợp số phí đã tạm trích nhỏ hơn số kinh phí được duyệt chính thức thì số chênh lệch thiếu được xử lý vào dự toán ngân sách năm sau. Số dư dự toán ngân sách hàng năm, sau khi Kho bạc Nhà nước đã thực hiện trích phí  được hưởng theo chế độ, thì huỷ bỏ theo quy định.

Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 02/02/2014 và áp dụng từ năm ngân sách 2014.