Theo đó, đồng ý với kiến nghị của Bộ Công thương tại công văn số 532/BCT-XNK về: phạm vi điều chỉnh của Thông tư; chưa áp dụng ngay việc cấp giấy phép tạm nhập tái xuất, chuyển khẩu hàng thực phẩm đông lạnh và giao Bộ Công Thương chủ động áp dụng việc cấp giấy phép khi cần thiết; việc miễn không thực hiện thông báo kế hoạch giao nhận hàng; việc bổ sung quy định về thời hạn làm thủ tục xuất khẩu, tái xuất qua các tỉnh biên giới đối với trường hợp hàng hóa được gửi từ nước ngoài vào kho ngoại quan.

Về cửa khẩu tái xuất: Thực hiện theo quy định tại Chỉ thị số 23/CT-TTg ngày 07/9/2012 của Thủ tướng Chính phủ.

Đối với tạm nhập tái xuất hàng hóa có thuế tiêu thụ đặc biệt, hàng hóa thuộc Danh mục cấm xuất khẩu, cấm nhập khẩu nhưng không thuộc Danh mục tạm ngừng kinh doanh tạm nhập tái xuất, chuyển khẩu và gửi kho ngoại quan về đến cảng Việt Nam sau ngày 29/9/2012: Đồng ý kiến nghị của Bộ Công Thương tại công văn số 532/BCT-XNK nêu trên. Giao Bộ Công Thương hướng dẫn cụ thể và chịu trách nhiệm trước Thủ tướng Chính phủ.

Đối với hàng hóa thuộc Danh mục tạm ngừng kinh doanh tạm nhập tái xuất, chuyển khẩu và gửi kho ngoại quan về đến cảng Việt Nam sau ngày 29/9/2012, còn tồn đọng tại các cảng và cửa khẩu biên giới: Giao Bộ Công Thương chủ trì, phối hợp với Ủy ban nhân dân các địa phương liên quan, các Bộ: Tài chính, Công an, Quốc phòng khẩn trương rà soát ngay tình hình hàng hóa tồn đọng tại các cảng và cửa khẩu biên giới; phân loại hàng hóa, làm rõ việc ký hợp đồng và xếp hàng của từng lô hàng; đề xuất phương án xử lý cụ thể bảo đảm yêu cầu quản lý, chống buôn lậu, gian lận thương mại; báo cáo Thủ tướng Chính phủ.

Bộ Giao thông vận tải căn cứ chức năng, thẩm quyền để hướng dẫn thực hiện chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại Điểm c Khoản 3 Mục I Chỉ thị số 23/CT-TTg ngày 7/9/2012 đối với việc bổ sung nội dung của bản liệt kê chi tiết hàng hóa (manifest).