Trong giai đoạn nền kinh tế nước ta đang ngày càng hội nhập sâu rộng vào kinh tế thế giới. Với chủ trương của Đảng và Nhà nước là xây dựng nền kinh tế thị trường, định hướng xã hội chủ nghĩa, giao quyền tự chủ cho doanh nghiệp; Theo đó, doanh nghiệp, người nộp thuế (NNT) tự tính, tự khai, tự nộp thuế và tự chịu trách nhiệm về nghĩa vụ chấp hành chính sách thuế của mình trước pháp luật. Tuy nhiên, không phải doanh nghiệp, NNT nào cũng biết, hiểu đầy đủ về chính sách thuế để chấp hành nghĩa vụ thuế; hoặc không loại trừ một số doanh nghiệp, NNT cố tình lợi dụng kẽ hở về cơ chế chính sách, về công tác quản lý để chiếm đoạt tiền thuế của Nhà nước, gây lên sự bất bình đẳng trong hoạt động sản xuất kinh doanh của các doanh nghiệp, NNT. Xuất phát từ những nguyên nhân trên, công tác kiểm tra thuế luôn được ngành thuế đặt ra và coi đây là một trong những nhiệm vụ đặc biệt quan trọng ở mọi giai đoạn, mọi thời kỳ phát triển của đất nước. Để phù hợp với sự thay đổi của Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế; Luật xử phạt vi phạm hành chính và các văn bản hướng dẫn thi hành; Ngày 20/4/2015 Tổng cục Thuế đã ban hành Quyết định số 746/QĐ-TCT về việc ban hành kèm theo Quy trình kiểm tra thuế thay thế Quy trình kiểm tra thuế ban hành kèm theo Quyết định số 528/QĐ-TCT ngày 29/5/2008. Trong đó, một số nội dung mới của Quy trình kiểm tra thuế như sau:

Về phạm vi áp dụng, bổ sung thêm cho 4 trường hợp kiểm tra tại trụ sở NNT gồm: Kiểm tra tại trụ sở NNT đối với trường hợp qua phân tích, đánh giá việc chấp hành pháp luật thuế của NNT xác định có dấu hiệu vi phạm pháp luật; Kiểm tra tại trụ sở NNT đối với các trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế sau và kiểm tra sau hoàn thuế theo quy định; Kiểm tra tại trụ sở NNT đối với các trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề do thủ trưởng cơ quan quản lý thuế cấp trên quyết định; Kiểm tra tại trụ sở NNT đối với NNT chia tách, sáp nhập, hợp nhất, giải thể, phá sản, cổ phần hóa, đóng mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh và các trường hợp kiểm tra đột xuất, kiểm tra theo chỉ đạo của cấp có thẩm quyền.

Quy trình kiểm tra thuế mới đã bổ sung thêm một số nội dung như: Một số yêu cầu về ứng dụng công nghệ thông tin đối với công chức kiểm tra hồ sơ khai thuế đảm bảo phù hợp với yêu cầu quản lý rủi ro trong công tác kiểm tra thuế: Áp dụng các phần mềm tin học để hỗ trợ kiểm tra các loại hồ sơ khai thuế được giao mà NNT gửi đến cơ quan Thuế.

Trong trường hợp ứng dụng công nghệ thông tin chưa đáp ứng công tác kiểm tra thuế thì cơ quan thuế bố trí công chức trực tiếp kiểm tra thuế.Nắm bắt kịp thời và triển khai áp dụng các ứng dụng công nghệ thông tin của ngành vào công tác kiểm tra thuế; Cập nhật dữ liệu, thông tin vào các phần mềm, ứng dụng công nghệ thông tin cho công tác kiểm tra đảm bảo phù hợp với Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế: Bộ phận kiểm tra, công chức làm công tác kiểm tra và bộ phận có liên quan cập nhật kịp thời, đầy đủ các thông tin, dữ liệu của NNT vào ứng dụng hỗ trợ thanh tra, kiểm tra; ứng dụng lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế ... hệ thống dữ liệu của ngành. Bộ phận kiểm tra thuế và công chức kiểm tra thuế sử dụng dữ liệu kê khai thuế của NNT và những dữ liệu thông tin của NNT đã được cập nhật vào hệ thống dữ liệu của ngành để phục vụ cho việc kiểm tra các hồ sơ khai thuế người nộp thuế gửi đến cơ quan thuế.

Thủ trưởng cơ quan phụ trách công tác kiểm tra có trách nhiệm thường xuyên nắm bắt và đôn đốc bộ phận kiểm tra, công chức làm công tác kiểm tra thực hiện hiện nghiêm túc các công việc trên nhằm mục đích triển khai tốt công tác quản lý, kiểm tra thuế theo cơ chế quản lý rủi ro trong quản lý thuế; Nguyên tắc kiểm tra hồ sơ khai thuế đảm bảo phù hợp với Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và đáp ứng yêu cầu thực tiễn về phạm vi hồ sơ và các trường hợp phải kiểm tra hồ sơ khai thuế.

Lựa chọn danh sách NNT để kiểm tra hồ sơ khai thuế bằng ứng dụng phần mềm quản lý rủi ro TPR và qua thực tiễn quản lý có rủi ro cao về thuế đảm bảo phù hợp với quy định về quản lý rủi ro và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế: Lựa chọn danh sách NNT để kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế tối thiểu là 20% số lượng doanh nghiệp hoạt động đang quản lý thuế; Quy định kiểm tra hồ sơ bằng phần mềm ứng dụng đảm bảo tin học hóa công tác kiểm tra hồ sơ khai thuế nhằm đạt mục tiêu kiểm tra tất cả các hồ sơ khai thuế gửi đến Cơ quan thuế theo quy định của Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế.

Bỏ thông báo yêu cầu NNT giải trình thông tin, tài liệu lần 2; Nguyên tắc kiểm tra tại trụ sở NNT đảm bảo phù hợp với quy định về giao nhiệm vụ kiểm tra hàng năm, về tần suất kiểm tra, về hình thức kiểm tra, về nội dung kiểm tra và về xử lý chồng chéo trong hoạt động kiểm tra; Quy định cụ thể việc lập kế hoạch kiểm tra, chuyên đề kiểm tra phải trên cơ sở áp dụng phần mềm quản lý rủi ro để lựa chọn tối thiểu 60% số NNT được giao nhiệm vụ kiểm tra hàng năm.

Kế hoạch kiểm tra, chuyên đề kiểm tra được lựa chọn theo hai hình thức: Hình thức lựa chọn bằng phần mềm ứng dụng TPR đạt từ 80% - 85% số lượng NNT được giao kế hoạch kiểm tra, chuyên đề kiểm tra hàng năm; Hình thức lựa chọn bằng thương pháp thủ công đạt 15% – 20% số lượng NNT được giao kế hoạch kiểm tra, chuyên đề kiểm tra hàng năm có rủi ro cao qua thực tiễn quản lý thuế tại địa phương; Quy định cụ thể về thủ tục để trình ban hành quyết định kiểm tra cho từng trường hợp kiểm tra theo quy định (5 trường hợp kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế).

Bổ sung các trường hợp về bãi bỏ quyết định kiểm tra, hoặc hoãn kiểm tra, hoặc xử lý vi phạm do NNT từ chối nhận quyết định kiểm tra; Các trường hợp về tạm dừng kiểm tra, trường hợp có vướng mắc về cơ chế chính sách qua kiểm tra phải xin ý kiến của cấp trên; hoặc trường hợp đã công bố biên bản kiểm tra nhưng NNT không ký biên bản, trường hợp không công bố được biên bản kiểm tra;

Quy định cụ thể đối với trường hợp NNT từ chối nhận quyết định kiểm tra; Quy định cụ thể về trình tự, thủ tục, thời gian đối với các trường hợp chuyển hồ sơ sang thanh tra, chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra; Quy định giám sát kết quả sau kiểm tra: Bộ phận kiểm tra có trách nhiệm phối hợp với bộ phận Quản lý nợ và cưỡng chế nợ thuế theo dõi và đôn đốc việc thực hiện nộp các khoản thuế truy thu, truy hoàn, tiền phạt theo kết quả kiểm tra vào NSNN đúng quy định trong thời hạn 90 ngày kể từ ngày hết thời hạn nộp vào NSNN các khoản kiến nghị qua kiểm tra ghi trên quyết định xử lý vi phạm về thuế;

Quy định báo cáo kết quả kiểm tra bằng phương thức điện tử đáp ứng yêu cầu hiện đại hóa công tác kiểm tra thuế qua ứng dụng TTR; Quy định lưu trữ hồ sơ kiểm tra: Quy định lưu trữ hồ sơ kiểm tra thuế cho bộ phận, người được giao nhiệm vụ nhằm đảm bảo lưu trữ hồ sơ theo đúng quy định của văn thư, lưu trữ...

Trên đây là một số nội dung chính trong Quy trình kiểm tra thuế mới được Tổng cục Thuế ban hành. Hy vọng rằng việc kiểm tra thuế chặt chẽ, khoa học sẽ góp phần minh bạch hơn trong công tác quản lý thuế, hạn chế tối đa thất thu thuế cho NSNN tạo lập sự công bằng trong sản xuất kinh doanh của NNT; đáp ứng với giai đoạn hội nhập kinh tế thị trường của đất nước ta hiện nay.