Theo Điều 4 của Nghị định 139/2016/NĐ-CP, mức thu lệ phí môn bài đối với tổ chức hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ được thực hiện như sau:

a) Tổ chức có vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư trên 10 tỷ đồng: 3.000.000 đồng/năm;

b) Tổ chức có vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư từ 10 tỷ đồng trở xuống: 2.000.000 đồng/năm;

c) Chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh, đơn vị sự nghiệp, tổ chức kinh tế khác: 1.000.000 đồng/năm.

Mức thu lệ phí môn bài đối với tổ chức quy định tại điểm a và điểm b khoản này căn cứ vào vốn điều lệ ghi trong giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh; trường hợp không có vốn điều lệ thì căn cứ vào vốn đầu tư ghi trong giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.

Đối với cá nhân, hộ gia đình hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ, mức thu lệ phí môn bài được thực hiện như sau:

a) Cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình có doanh thu trên 500 triệu đồng/năm: 1.000.000 đồng/năm;

b) Cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình có doanh thu trên 300 đến 500 triệu đồng/năm: 500.000 đồng/năm;

c) Cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình có doanh thu trên 100 đến 300 triệu đồng/năm: 300.000 đồng/năm.

Tổ chức, cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình sản xuất, kinh doanh hoặc mới thành lập, được cấp đăng ký thuế và mã số thuế, mã số doanh nghiệp trong thời gian của 6 tháng đầu năm thì nộp mức lệ phí môn bài cả năm; nếu thành lập, được cấp đăng ký thuế và mã số thuế, mã số doanh nghiệp trong thời gian 6 tháng cuối năm thì nộp 50% mức lệ phí môn bài cả năm.

Tổ chức, cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình sản xuất, kinh doanh nhưng không kê khai lệ phí môn bài thì phải nộp mức lệ phí môn bài cả năm, không phân biệt thời điểm phát hiện là của 6 tháng đầu năm hay 6 tháng cuối năm.

Tổ chức quy định tại các điểm a, b khoản 1 Điều này có thay đổi vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư thì căn cứ để xác định mức thu lệ phí môn bài là vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư của năm trước liền kề năm tính lệ phí môn bài.

Trường hợp vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư được ghi trong giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc giấy chứng nhận đăng ký đầu tư bằng ngoại tệ thì quy đổi ra tiền đồng Việt Nam để làm căn cứ xác định mức lệ phí môn bài theo tỷ giá mua vào của ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng nơi người nộp lệ phí môn bài mở tài khoản tại thời điểm người nộp lệ phí môn bài nộp tiền vào ngân sách nhà nước.

Cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình quy định tại khoản 2 Điều này có thay đổi doanh thu thì căn cứ để xác định mức thu lệ phí môn bài là doanh thu của năm trước liền kề năm tính lệ phí môn bài.