Theo Nghị định trên, các hành vi vi phạm trong lĩnh vực hải quan bao gồm: (i) Vi phạm về thủ tục hải quan; (ii) Kiểm tra, giám sát, kiểm soát hoạt động hải quan; (iii) Vi phạm về thuế đối với hàng hóa xuất, nhập khẩu; (iv) Vi phạm có liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh.

Thời hiệu vi phạm hành chính đối với hành vi trốn thuế, gian lận thuế chưa đến mức truy cứu hình sự, hành vi sai khai dẫn đến làm giảm số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được miễn, giảm, hoàn cao hơn thì thời hiệu xử phạt là 5 năm, kể từ ngày thực hiện hành vi vi phạm.

Quá thời hiệu xử phạt vi phạm pháp luật về thuế thì người nộp thuế không bị xử phạt nhưng vẫn phải nộp đủ số tiền thuế thiếu, số tiền được miễn, giảm, hoàn cao hơn hoặc số tiền trốn thuế, gian lận thuế, nộp chậm vào ngân sách nhà nước trong thời hạn 10 năm trở về trước, kể từ ngày phát hiện hành vi vi phạm.

Vi phạm quy định về thời hạn làm thủ tục hải quan, nộp hồ sơ thuế:  Mức phạt cao nhất là 30 đến 50 triệu đồng cho hành vi không tái xuất, tái nhập phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh đúng thời hạn quy định mà phương tiện vi phạm là ô tô dưới 24 chỗ ngồi.

Đối với hành vi phạm quy định về khai hải quan: Mức phạt cao nhất là 40 triệu đồng đối với hành vi khai khống tên hàng, số lượng, trọng lượng, giá trị hàng hóa xuất khẩu, trừ trường hợp  xuất khẩu sản phẩm gia công, sản phẩm sản xuất từ nguyên liệu nhập khẩu không phù hợp với nguyên liệu đã nhập khẩu; nhập khẩu sản phẩm gia công từ nước ngoài không phù hợp với nguyên liệu đã xuất khẩu.

Vi phạm quy định về khai thuế: Người nộp thuế có hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền được miễn, giảm, được hoàn thì sẽ bị phạt 20% số tiền thuế được miễn, giảm, được hoàn cao hơn so với quy định của pháp luật về thuế. Đối với trường hợp người nộp thuế tự phát hiện và khai bổ sung hải quan hồ sơ khai thuế quá 60 ngày kể từ ngày đăng ký hải quan nhưng trước khi cơ quan kiểm tra, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế thì bị xử phạt 10% số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền được miễn, giảm, được hoàn cao hơn so với quy định.

Vi phạm quy định về khai báo hải quan đối với ngoại tệ hoặc VND bằng tiền mặt, vàng: Phạt tiền từ 30 đến 50 triệu đồng đối với trường hợp tang vật vi phạm có trị giá trên 100 triệu đồng mà chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự. Tang vật vi phạm được trả lại khi quyết định xử phạt đã được thực hiện. Việc xuất khẩu,  nhập khẩu ngoại tệ tiền mặt, tiền VND bằng tiền mặt, vàng thực hiện theo quy định của pháp luật.

V phạm quy định về kiểm tra hải quan, thanh tra thuế: Phạt tiền từ 20 đến 60 triệu đối với một trong các hành vi đánh tráo hàng hóa đã kiểm tra hải quan với hàng hóa chưa kiểm tra hải quan; Giả mạo niêm phong hải quan, nộp, xuất trình chứng từ, tài liệu giả mạo cho cơ quan hải quan nhưng chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự; Sử dụng tài khoản truy cập, chữ ký số được cấp cho tổ chức, cá nhân khác để thực hiện thủ tục hải quan điện tử; Sử dụng chứng từ không hợp pháp để làm thủ tục xuất, nhập khẩu theo đúng quy định.

Bên cạnh đó, Nghị định cũng nêu rõ, cá nhân bị xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan có quyền đề nghị miễn, giảm tiền phạt từ 3.000.000 đồng trở lên trong trường hợp gặp khó khăn đặc biệt, đột xuất về kinh tế do thiên tai, hỏa hoạn, tai nạn, thảm họa... Mức miễn giảm tiền phạt tối đa bằng số tiền phạt còn lại trong quyết định xử phạt và không quá giá trị tài sản, hàng hóa bị thiệt hại, chi phí chữa bệnh.

Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày 15/12/2013.