Hiệp định Hải quan ASEAN được xây dựng trên cơ sở kế thừa các quy định của Công ước Kyoto sửa đổi, theo đó các quy định mang tính chất về nghiệp vụ, thủ tục và quy trình hải quan, ứng dụng công nghệ thông tin và truyền thông trong nghiệp vụ hải quan và kiểm soát hải quan, hỗ trợ hành chính lẫn nhau đã được tổng hợp và đưa ra cụ thể tại Hiệp định.

Bên cạnh đó, Hiệp định Hải quan ASEAN cũng được xây dựng theo hướng tổng hợp các cam kết hội nhập kinh tế ASEAN có liên quan đến hải quan đã được thống nhất như cam kết về xây dựng và thực hiện Cơ chế một cửa ASEAN, cam kết về tạo thuận lợi cho hàng hóa quá cảnh và các cam kết trong khuôn khổ Chương 6 của Hiệp định thương mại hàng hóa ASEAN (ATIGA), Nghị định thư về thực hiện Danh mục Biểu thuế Hài hòa ASEAN…

Theo đó, Nghị quyết giao Bộ Tài chính chịu trách nhiệm chủ trì, phối hợp với các bộ, cơ quan liên quan tổ chức triển khai thực hiện Hiệp định. Bộ Ngoại giao hoàn thành thủ tục đối ngoại theo quy định.

Khi tham gia Hiệp định này, ngoài nghĩa vụ thực hiện đầy đủ các cam kết nêu trong Hiệp định, Việt Nam sẽ có quyền hưởng những lợi ích nhất định từ các bên ký kết đã phê duyệt Hiệp định như được nhận sự hỗ trợ hành chính tối đa để nhằm ngăn chặn, điều tra và trấn áp các vi phạm liên quan đến hải quan.

Ngoài ra, hàng hóa của Việt Nam xuất khẩu, quá cảnh, chuyển tải qua lãnh thổ của các bên ký kết sẽ nhận được sự tạo thuận lợi nhờ việc áp dụng các cam kết cụ thể của Hiệp định như đơn giản hóa thủ tục hải quan và quy định kiểm soát hải quan, ứng dụng công nghệ thông tin, quyết định trước, công nhận lẫn nhau Chương trình Doanh nghiệp ưu tiên (AEO), quản lý biên giới phối hợp…