Theo Nghị đinh trên, giá tính tiền cấp quyền khai thác khoáng sản được xác định theo giá tính thuế tài nguyên do Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương xây dựng, công bố và tại thời điểm tính tiền cấp quyền khai thác khoáng sản còn hiệu lực như sau:

Một là, mỗi loại khoáng sản trong một khu vực khai thác khoáng sản chỉ áp dụng một mức giá tính tiền cấp quyền khai thác khoáng sản.

Hai là, trường hợp trong một khu vực khai thác khoáng sản, sản phẩm sau khai thác có nhiều loại và mỗi loại có mức giá khác nhau, thì áp dụng giá trị trung bình các mức giá.

Ba là, đối với loại khoáng sản chưa có giá tính thuế tài nguyên hoặc phải điều chỉnh giá tính thuế tài nguyên do không còn phù hợp theo quy định, Sở Tài nguyên và Môi trường chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan xây dựng giá; Sở Tài chính thẩm định, trình Ủy ban nhân dân cấp tỉnh phê duyệt.

Phương thức thu tiền cấp quyền khai thác khoáng sản được thực hiện theo hình thức nộp một lần bằng 100% tổng số tiền cấp quyền khai thác khoáng sản (đối với các trường hợp thời gian khai thác còn lại trong Giấy phép khai thác hoặc cấp mới bằng hoặc dưới 05 năm; Tổng giá trị tiền cấp quyền khai thác khoáng sản bằng hoặc nhỏ hơn 01 tỷ đồng) và nộp nhiều lần đối với các trường hợp khác. Đối với trường hợp nộp nhiều lần, trong quá trình khai thác, tổ chức, cá nhân có thể đề nghị thay đổi giảm số lần nộp và tăng số tiền phải nộp cho các lần còn lại.

Thời điểm nộp tiền cấp quyền khai thác khoáng sản chậm nhất lần đầu là 90 ngày tính từ ngày nhận được thông báo của Cục thuế địa phương; thời điểm các lần sau chậm nhất là ngày 31/3 các năm tiếp theo. Sau các thời điểm này, ngoài số tiền phải nộp theo thông báo, tổ chức, cá nhân còn phải nộp tiền phạt theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

Trường hợp trữ lượng khoáng sản được cấp phép lớn, thời gian khai thác còn lại và công suất khai thác trung bình hàng năm không thể hết phần trữ lượng chưa khai thác; tổ chức, cá nhân có thể xin điều chỉnh Giấy phép khai thác về công suất hoặc trữ lượng. Tiền cấp quyền khai thác khoáng sản thực hiện theo Giấy phép khai thác hiện hành và được điều chỉnh phù hợp khi Giấy phép khai thác thay thế có hiệu lực pháp luật.