Những quy định trên được Bộ Tài chính ban hành tại Thông tư số 04/ 2014/TT-BTC. Thông tư quy định quy trình thẩm tra quyết toán đối với các dự án, hạng mục hoàn thành (hoặc bị dừng vĩnh viễn) sử dụng nguồn vốn đầu tư từ Dự toán ngân sách nhà nước; khuyến khích áp dụng Quy trình này để thẩm tra quyết toán đối với dự án sử dụng các nguồn vốn khác.

Quy trình thực hiện công tác thẩm tra quyết toán gồm các bước: Tiếp nhận hồ sơ trình duyệt quyết toán; Thẩm tra quyết toán và trình người có thẩm quyền phê duyệt quyết toán.

Theo quy định, công tác thẩm tra quyết toán phải tuân thủ các cơ chế chính sách của Nhà nước phù hợp với từng thời kỳ thực hiện dự án. Cơ quan chủ trì thẩm tra được đề nghị các cơ quan chức năng quản lý chuyên ngành xem xét, giải quyết những kiến nghị, vướng mắc liên quan đến quyết toán dự án hoàn thành để trình cấp có thẩm quyền quyết định phê duyệt quyết toán. Báo cáo kết quả thẩm tra quyết toán phải bảo đảm tính đúng đắn, trung thực, khách quan.

Cơ quan thẩm tra quyết toán, cán bộ trực tiếp thẩm tra quyết toán chịu trách nhiệm tuân thủ trình tự, nội dung các bước thẩm tra theo quy định tại Thông tư này; chịu trách nhiệm về nội dung của Báo cáo kết quả thẩm tra trên cơ sở hồ sơ quyết toán do chủ đầu tư cung cấp và Báo cáo kết quả kiểm toán dự án hoàn thành của kiểm toán độc lập hoặc Kiểm toán Nhà nước (nếu có).

Cơ quan thẩm tra quyết toán, cán bộ trực tiếp thẩm tra quyết toán không chịu trách nhiệm về tính chính xác của khối lượng do chủ đầu tư và nhà thầu đã nghiệm thu đưa vào báo cáo quyết toán; không chịu trách nhiệm về đơn giá dự toán đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt và đơn giá trúng thầu đã được người quyết định trúng thầu quyết định, chủ đầu tư và nhà thầu đã thống nhất ghi trong hợp đồng.

Nhà thầu kiểm toán độc lập, kiểm toán viên chịu trách nhiệm trước pháp luật và chủ đầu tư về nội dung và tính đúng đắn của số liệu trong Báo cáo kết quả kiểm toán dự án hoàn thành trên cơ sở hồ sơ quyết toán do chủ đầu tư cung cấp.

Về phía chủ đầu tư, phải chịu trách nhiệm trước pháp luật, cơ quan thẩm tra quyết toán về tính pháp lý của hồ sơ quyết toán và tính đúng đắn của số liệu đề nghị quyết toán; tính chính xác của khối lượng do chủ đầu tư và nhà thầu nghiệm thu đưa vào báo cáo quyết toán; tính phù hợp của đơn giá do chủ đầu tư và nhà thầu đã thống nhất ghi trong hợp đồng.

Ngoài ra, Thông tư quy định cụ thể trình tự thẩm tra quyết toán đối với dự án đã thực hiện và các dự án không thực hiện kiểm toán báo cáo quyết toán; trình tự phê duyệt quyết toán.

Thông tư này thay thế Quyết định số 56/2008/QĐ-BTC ngày 17/7/2008 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc ban hành Quy trình thẩm tra quyết toán dự án hoàn thành đối với các dự án sử dụng vốn ngân sách nhà nước.