Theo đó, căn cứ Điều 6 Nghị định số 123/2008/NĐ-CP về dịch vụ xuất khẩu áp dụng thuế suất 0% có quy định “Đối với dịch vụ xuất khẩu bao gồm dịch vụ cung ứng trực tiếp cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài hoặc ở trong khu phi thuế quan. Tổ chức ở nước ngoài là tổ chức không có cơ sở thường trú tại Việt Nam, không phải là người nộp thuế giá trị gia tăng tại Việt Nam. Cá nhân ở nước ngoài là người nước ngoài không cư trú tại Việt Nam, người Việt Nam định cư ở nước ngoài và ở ngoài Việt Nam trong thời gian diễn ra việc cung ứng dịch vụ. Tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan là tổ chức, cá nhân có đăng ký kinh doanh và các trường hợp khác theo quy định của Thủ tướng Chính phủ”.

Trên cơ sở quy định trên, nếu hoạt động vận tải từ cảng nước ngoài đến cảng nước ngoài thoả mãn hai điều kiện: có hợp đồng với tổ chức, cá nhân nước ngoài và có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì được áp dụng thuế suất thuế GTGT 0%. Theo đó, thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào tại Việt Nam từ ngày 01/01/2011 đến trước ngày 01/3/2012 để sử dụng cho hoạt động vận tải từ cảng nước ngoài đến cảng nước ngoài được kê khai, khấu trừ và hoàn thuế nếu đáp ứng được các điều kiện khấu trừ về hoá đơn, chứng từ và thanh toán qua ngân hàng theo quy định.

Trường hợp doanh nghiệp vận tải hàng hoá từ cảng nước ngoài đến cảng nước ngoài cho tổ chức, cá nhân Việt Nam thì không được áp dụng thuế suất thuế GTGT 0%.

Trước đó, ngày 18/7/2012, Bộ Tài chính đã có Công văn số 9610/BTC-CST trình Thủ tướng Chính phủ cho phép các doanh nghiệp vận tải biển được khấu trừ số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho hoạt động vận tải giữa các cảng nước ngoài từ ngày 01/01/2011 đến trước ngày 01/3/2012; Văn phòng Chính phủ đã có công văn số 5803/VPCP-KTTH ngày 03/8/2012 thông báo ý kiến của Phó thủ tướng Chính phủ Vũ Văn Ninh thay mặt Thủ tướng Chính phủ đồng ý với đề nghị của Bộ Tài chính.