Trong quy định về thời hạn và tài khoản nộp khoản đóng góp bắt buộc, Thông tư nêu rõ: Cơ sở sản xuất, nhập khẩu thuốc lá tự nộp khoản đóng góp bắt buộc vào tài khoản của Quỹ cùng với thời điểm nộp thuế tiêu thụ đặc biệt.

Cụ thể, đối với thuốc lá nhập khẩu, cơ sở nhập khẩu phải tự chịu trách nhiệm, tự nộp khoản đóng góp bắt buộc trước khi thông quan hoặc giải phóng hàng. Đối với thuốc lá sản xuất trong nước và đối với thuốc lá mua để xuất khẩu nhưng được bán trong nước, thời hạn nộp khoản đóng góp bắt buộc chậm nhất là ngày cuối cùng của thời hạn nộp hồ sơ khai khoản đóng góp bắt buộc.

Cơ sở sản xuất, nhập khẩu thuốc lá được hạch toán khoản đóng góp bắt buộc vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp nếu có chứng từ nộp khoản đóng góp bắt buộc theo quy định.

Ngoài ra, Thông tư cũng quy định, Quỹ phòng, chống tác hại của thuốc lá là đơn vị chủ trì thực hiện kiểm tra thu, nộp khoản đóng góp bắt buộc của cơ sở sản xuất, nhập khẩu thuốc lá; cơ quan Thuế, cơ quan Hải quan và Kho bạc Nhà nước phối hợp khi Quỹ có yêu cầu.

Cơ quan thuế và cơ quan Hải quan có trách nhiệm phối hợp với Quỹ để cung cấp thông tin về căn cứ tính thuế của cơ sở sản xuất, nhập khẩu thuốc lá có liên quan, số thuế tiêu thụ đặc biệt đã nộp để phục vụ cho việc giám sát, kiểm tra việc khai, nộp khoản đóng góp bắt buộc.

Trường hợp qua kiểm tra, thanh tra thuế, hải quan phát hiện giá tính thuế tiêu thụ đặc biệt chưa đúng quy định của pháp luật về thuế tiêu thụ đặc biệt và phải điều chỉnh lại thì cơ quan thuế, cơ quan hải quan thông báo cho Quỹ.

Đối với thuốc lá nhập khẩu hoặc thuốc lá mua trong nước để xuất khẩu nhưng bán trong nước, sau khi có kết luận kiểm tra, thanh tra thuế, hải quan mà giá tính thuế tiêu thụ đặc biệt làm căn cứ tính khoản đóng góp bắt buộc phải điều chỉnh lại thì cơ sở nhập khẩu, cơ sở bán trong nước điều chỉnh số phải nộp của khoản đóng góp bắt buộc chậm nhất là ngày thứ 10, kể từ ngày nhận được kết luận thanh tra, kiểm tra.

Đối với thuốc lá sản xuất trong nước, sau khi có kết luận kiểm tra, thanh tra thuế mà giá tính thuế tiêu thụ đặc biệt làm căn cứ tính khoản đóng góp bắt buộc phải điều chỉnh lại thì cơ sở sản xuất thuốc lá điều chỉnh số phải nộp của khoản đóng góp bắt buộc vào tháng hoặc quý kế tiếp tháng hoặc quý nhận được kết luận kiểm tra, thanh tra thuế.

Kể từ ngày 1/5/2013, mọi vi phạm liên quan đến khoản đóng góp bắt buộc được xử lý theo pháp luật về xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực y tế.

Quỹ có trách nhiệm thông báo cho cơ sở sản xuất, nhập khẩu thuốc lá về địa điểm nhận hồ sơ khai khoản đóng góp bắt buộc và tài khoản của Quỹ để nộp khoản đóng góp bắt buộc.

Thông tư này có hiệu lực từ ngày 31/5/2014.

Cơ sở sản xuất, nhập khẩu thuốc lá tự khai, tự tính và tự nộp khoản đóng góp bắt buộc đối với thuốc lá sản xuất trong nước bán ra và nhập khẩu từ ngày 1/5/2013 trong vòng 30 ngày kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành và không bị xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực y tế đối với việc chậm nộp khoản đóng góp bắt buộc phát sinh trong thời gian từ ngày 1/5/2013 đến ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành.