Theo Bộ Tài chính, mặt hàng Vitamin thuộc nhóm 2936, có thuế suất thuế GTGT là 5%. Tuy nhiên, theo mục 2 Thông tư 131/2008/TT-BTC thì: “Trường hợp hàng hoá được quy định cụ thể thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT hoặc áp dụng thuế suất thuế GTGT 5%, 10% theo quy định tại Luật thuế GTGT, Nghị định số 123/2008/NĐ-CP ngày 8/12/2008 của Chính phủ và Thông tư của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật thuế GTGT và Nghị định số 123/2008/NĐ-CP thì thực hiện theo quy định tại các văn bản này”.

Bên cạnh đó, theo quy định tại Khoản 11 Điều 10 Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn: “Bông, băng, gạc y tế và băng vệ sinh y tế; thuốc phòng bệnh, chữa bệnh bao gồm thuốc thành phẩm, nguyên liệu làm thuốc, trừ thực phẩm chức năng; vắc-xin; sinh phẩm y tế, nước cất để pha chế thuốc tiêm, dịch truyền; vật tư hóa chất xét nghiệm, diệt khuẩn dùng trong y tế” áp dụng thuế suất thuế GTGT 5%.

Theo đó, việc phân loại thuốc phòng bệnh, chữa bệnh dùng cho người, chế phẩm hỗn hợp Vitamin… phải có sổ đăng ký lưu hành hoặc giấy phép nhập khẩu của Bộ Y tế. Cụ thể, các chế phẩm hỗn hợp Vitamin có số đăng ký lưu hành tại Việt Nam hoặc giấy phép nhập khẩu do Cục Quản lý dược cấp khi nhập khẩu để phục vụ sản xuất thuốc được phân loại là nguyên liệu sản xuất thuốc.

Từ thực tế này, Bộ Tài chính yêu cầu Cục thuế tỉnh, thành phố phối hợp với Hải quan các tỉnh, thành phố rà soát lại toàn bộ các trường hợp nhập khẩu kinh doanh mặt hàng này.

Trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu thuốc thành phẩm và nguyên liệu làm thuốc (trừ thực phẩm chức năng) có số đăng ký lưu hành hoặc giấy phép nhập khẩu của Bộ Y tế… được phân loại là nguyên liệu sản xuất thuốc, áp dụng thuế suất thuế GTGT 5%.

Trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu không đáp ứng các nội dung trên, Cục Hải quan các tỉnh, thành phố và các Cục thuế tỉnh, thành phố có trách nhiệm hướng dẫn doanh nghiệp kê khai, nộp thuế bổ sung theo mức thuế suất thuế GTGT 10%.