Hiện Công ty có vướng mắc liên quan đến việc áp dụng miễn giảm thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế 2 lần giữa Việt Nam và Nhật Bản, cụ thể như sau:

Ngày 20/12/2017, Công ty có ký hợp đồng “Tư vấn đánh giá hàng hải khu vực Cảng Petec Cái Mép”, nội dung công việc tư vấn:

- Đánh giá an toàn cho các hoạt động liên quan của tàu chở LNG bao gồm: Hàng hải trong luồng Vũng Tàu - Thị Vải, quá trình cập cảng và làm hàng tại cầu cảng PETEC, quay trở của tàu chở LNG tại vũng quay tàu…

- Đánh giá khả năng mở rộng công suất tối đa của dự án LNG Thị Vải về mặt hàng hải.

Các công việc trên sẽ được thực hiện và hoàn thành trong vòng 4 tháng (không bao gồm thời gian cho đại diện chủ đầu tư, chủ đầu tư, cơ quan chức năng xem xét, góp ý và phê duyệt nếu có).

Căn cứ theo Điều 7 của Hiệp định tránh đánh thuế 2 lần giữa Việt Nam và Nhật Bản và Khoản c, Mục 1.2, Điều 11 Thông tư số 205/2013/TT-BTC ngày 24/12/2013 của Bộ Tài chính thì phần thu nhập phát sinh từ dịch vụ tư vấn này là đủ điều kiện áp dụng Hiệp định tránh đánh thuế 2 lần giữa Việt Nam và Nhật Bản vì không thành lập cơ sở thường trú tại Việt Nam.

Qua Hệ thống Tiếp nhận, trả lời kiến nghị của doanh nghiệp, Công ty TNHH NYK Line (Việt Nam) đề nghị cơ quan chức năng hướng dẫn việc áp dụng Hiệp định thuế Việt Nam - Nhật Bản (Hiệp định) đối với phần thu nhập phát sinh từ dịch vụ tư vấn của Liên danh NYK- PORTCOAST.

Về vấn đề này, Tổng cục Thuế - Bộ Tài chính có ý kiến như sau:

Căn cứ Khoản 1, Khoản 4, Điều 5 Hiệp định quy định về cơ sở thường trú:

“1. Theo nội dung của Hiệp định này, thuật ngữ “cơ sở thường trú” có nghĩa là một cơ sở kinh doanh cố định mà qua đó xí nghiệp thực hiện toàn bộ hay một phần hoạt động kinh doanh của mình…”.

“4. Một xí nghiệp của một Nước ký kết sẽ được coi là có cơ sở thường trú tại Nước ký kết kia nếu xí nghiệp đó thực hiện tại Nước ký kết kia việc cung cấp các dịch vụ bao gồm cả các dịch vụ tư vấn thông qua những người làm công hay những đối tượng khác với điều kiện các hoạt động đó kéo dài (trong cùng một dự án hay hai hay nhiều dự án có liên quan) trong một khoảng thời gian hay nhiều khoảng thời gian hơn 6 tháng trong giai đoạn 12 tháng liên tục”.

Căn cứ Điều 7 (1) của Hiệp định quy định về lợi tức doanh nghiệp:

“Lợi tức của một xí nghiệp tại một Nước ký kết sẽ chỉ chịu thuế tại Nước đó, trừ trường hợp xí nghiệp có tiến hành kinh doanh tại Nước ký kết kia thông qua một cơ sở thường trú tại Nước kia. Nếu xí nghiệp có hoạt động kinh doanh theo cách trên, thì các khoản lợi tức của xí nghiệp có thể bị đánh thuế tại Nước kia nhưng chỉ trên phần lợi tức phân bố cho cơ sở thường trú đó”; và:

Căn cứ các quy định tại hợp đồng dịch vụ tư vấn Công ty cung cấp thì:

Trường hợp Liên danh NYK - PORTCOAST thực hiện các dịch vụ tư vấn tại Việt Nam thông qua người làm công hoặc các đối tượng khác, các hoạt động đó kéo dài trong cùng một dự án hoặc hai hay nhiều dự án có liên quan, trong một khoảng thời gian hay nhiều khoảng thời gian hơn 6 tháng trong giai đoạn 12 tháng liên tục, thì nhà thầu tư vấn có nghĩa vụ nộp thuế TNDN tại Việt Nam đối với lợi tức phân bổ cho cơ sở thường trú tại Việt Nam.

Để có cơ sở xác định việc hình thành cơ sở thường trú tại Việt Nam theo quy định của Hiệp định của các bên trong Liên danh NYK - PORTCOAST (các Nhà thầu tư vấn), đề nghị Cục thuế TP. Hồ Chí Minh kiểm tra thực tế việc thực hiện các hạng mục công việc của các Nhà thầu tư vấn và các Tư vấn phụ (nếu có) theo Hợp đồng tư vấn số 08/2017/DAK-NYK-PORTCOAST/D, trong đó lưu ý các nội dung sau:

- Kiểm tra việc thực hiện và hoàn thành các hạng mục công việc thực tế theo Hợp đồng;

Thời gian thực tế các Nhà thầu tư vấn thực hiện các hạng mục công việc theo Hợp đồng thông qua nhân viên, nhà thầu phụ, các đối tượng khác (nếu có);

Thời gian bảo hành thực tế của các nhà thầu tư vấn.

Thời gian thực hiện các hạng mục công việc bổ sung phát sinh (nếu có) theo Hợp đồng.