Công ty TNHH Việt Nam Nippon Seiki phản ánh, đầu năm 2012, DN có mở tờ khai NK 8 lô hàng có chứng nhận xuất xứ mẫu E (C/O mẫu E) tại Chi cục Hải quan Khu công nghiệp Bắc Thăng Long (Cục Hải quan Hà Nội). Tuy nhiên, do không đánh dấu vào ô “Third Country Invoicing”, không ghi thông tin về tên và nước phát hành Invoice vào ô thứ 7 nên Chi cục Hải quan KCN Bắc Thăng Long đã ban hành công văn đình chỉ áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt và tạm thu theo thuế suất ưu đãi thông thường đối với 8 C/O mẫu E nói trên, đồng thời yêu cầu DN bổ sung tài liệu để xác định tính hợp lệ của 8 C/O mẫu E.

Thực hiện yêu cầu trên, DN đã nhận lại 8 C/O mẫu E đồng thời nộp đủ số thuế với thuế suất thông thường tổng trị giá 1.840.497.462 đồng. Ngay sau đó, DN đã liên lạc với bên bán nhưng bên bán xác nhận không thực hiện sửa chữa, bổ sung trên C/O mà chỉ cấp mới thay thế. Do vậy, bên bán đã gửi lại 8 C/O cấp mới thay thế cho DN và DN đã nộp 8 mẫu mới này cho cơ quan Hải quan, đồng thời đề nghị được hưởng thuế suất ưu đãi. Tuy nhiên, cơ quan Hải quan cho rằng, C/O mẫu E mới thay thế cần được xem xét tính hợp lệ và kết quả xác minh tính hợp lệ của C/O mẫu E chỉ được chấp nhận khi cơ quan có thẩm quyền cấp C/O của Trung Quốc gửi trực tiếp tới Tổng cục Hải quan.

Do tình hình suy thoái kinh tế, tài chính khó khăn, DN gặp rất nhiều khó khăn trong việc quay vòng vốn phục vụ sản xuất. Vì vậy, DN đề xuất với Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan cho phép hoàn lại số tiền thuế đã nộp theo quy chế ưu đãi đặc biệt khu vực mậu dịch tự do ASEAN - Trung Quốc (ACFTA).

Về đề nghị này, Tổng cục Hải quan đang lấy ý kiến các đơn vị liên quan để tổng hợp trình Bộ Tài chính và có công văn trả lời cụ thể DN.

Công ty cổ phần Tân Vĩnh Cửu (nhà NK gỗ trực tiếp từ Mỹ và châu Âu) phản ánh, theo hướng dẫn của Chi cục Hải quan KCX Linh Trung 2 (Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh) thì DN phải chứng minh lô hàng gỗ XK là hàng hóa đã XK có nguồn gốc NK, do đó, DN phải nộp thuế XK trước sau đó làm thủ tục hoàn thuế. Ngay sau đó, DN đã xác định được nguồn gốc gỗ NK do cơ quan có thẩm quyền xác nhận là Chi cục Kiểm lâm tỉnh Đồng Nai ký. DN thắc mắc, trong trường hợp này DN có được hoàn thuế không?

Về vấn đề này, Tổng cục Hải quan cho biết, theo quy định tại khoản 8 Điều 112 Thông tư 128/2013/TT-BTC ngày 10-9-2013 của Bộ Tài chính (gọi tắt là Thông tư 128) thì: “Hàng hoá NK nhưng phải tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài hoặc tái xuất sang nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan (để sử dụng trong khu phi thuế quan hoặc XK ra nước ngoài; trừ trường hợp xuất vào Khu kinh tế thương mại đặc biệt, khu thương mại - công nghiệp và các khu vực kinh tế khác thực hiện theo hướng dẫn riêng của Bộ Tài chính) được xét hoàn lại thuế NK đã nộp tương ứng với số lượng hàng thực tế tái xuất và không phải nộp thuế XK”.

Căn cứ quy định nêu trên, nếu mặt hàng gỗ của DN NK về Việt Nam sau đó tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài hoặc tái xuất sang nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan (để sử dụng trong khu phi thuế quan hoặc XK ra nước ngoài), thì được xét hoàn, không thu thuế NK nếu đáp ứng đối tượng, điều kiện quy định tại khoản 8 Điều 112 Thông tư 128 và hồ sơ quy định tại Điều 120 Thông tư 128.

Theo Công ty TNHH TMTH Nghĩa Anh Lào Cai, để đẩy mạnh XNK nông sản qua các cửa khẩu phụ, lối mở, giúp nông dân các vùng miền và các nhà máy trong nước tiêu thụ được sản phẩm. DN đề nghị Bộ Tài chính có cơ chế chính sách đặc thù về thương mại biên giới qua các của khẩu phụ, lối mở, cho phép DN được thực hiện các điều kiện như: Không bắt buộc thực hiện hợp đồng ngoại thương; Phương thức thanh toán bằng nhiều hình thức; Bù trừ công nợ hoặc đối trừ công nợ ba bên; Bên mua có thể chuyển tiền thanh toán bằng các tài khoản, kể cả tài khoản vãng lai của Trung Quốc về tài khoản bên bán tại các ngân hàng Việt Nam.

Đối với đề nghị không bắt buộc DN phải thực hiện hợp đồng mua bán, Tổng cục Hải quan cho rằng: Điều 12 Thông tư 128 quy định: Khi làm thủ tục hải quan đối với hàng hoá XK, người khai hải quan nộp, xuất trình cho cơ quan Hải quan hồ sơ hải quan, gồm các chứng từ sau: Hợp đồng mua bán hàng hóa, hợp đồng ủy thác XK (nếu xuất khẩu ủy thác) đối với hàng hóa XK có thuế XK, hàng XK có yêu cầu hoàn thuế, không thu thuế, hàng hóa có quy định về thời điểm liên quan đến hợp đồng XK: 1 bản chụp.

Tuy nhiên, theo Tổng cục Hải quan, hoạt động XK, NK hàng hóa qua cửa khẩu phụ được điều chỉnh chủ yếu bởi Quyết định 254/2006/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ quy định về quản lý hoạt động thương mại biên giới, theo đó hợp đồng được điều chỉnh bởi Điều 2 Quyết định này. Hiện nay Bộ Công Thương đang chủ trì cùng các bộ, ngành xây dựng sửa đổi Quyết định 254/2006/QĐ-TTg.

Về đề nghị thực hiện phương thức thanh toán bằng nhiều hình thức, Tổng cục Hải quan đã tham mưu cho Bộ Tài chính có văn bản số 9475/BTC-TCHQ ngày 14-7-2014 gửi Văn phòng Chính phủ nêu rõ quan điểm: Để tránh bị lợi dụng đối với việc XK qua cửa khẩu phụ, lối mở cần cân nhắc không nên cho áp dụng chính sách hoàn thuế GTGT, việc hoàn thuế chỉ áp dụng đối với hàng XK chính ngạch đảm bảo đủ điều kiện. Như vậy, nếu DN muốn được hoàn thuế GTGT thì phải đảm bảo theo đúng các quy định, điều kiện về hoàn thuế GTGT trong đó có các điều kiện về thanh toán.

Công ty CP tập đoàn kỹ nghệ gỗ Trường Thành cho biết, DN đang lúng túng giữa quy định tại Điều 42 Luật Quản lý thuế số 21/2012/QH13 ngày 20-11-2012 và Điều 55 của Thông tư 128. Trong đó, Thông tư 128 cho DN được có thời hạn tái chế là 275 ngày còn Luật Quản lý thuế thì DN phải nộp thuế ngay.

Tổng cục Hải quan cho biết, nội dung thời hạn nộp thuế đã được quy định cụ thể tại Điều 42 Luật Quản lý thuế được sửa đổi, bổ sung tại khoản 11 Điều 1 Luật số 21/2012/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế; Điều 38 Nghị định 83/2013/NĐ-CP ngày 22-7-2013 của Chính phủ và Điều 20 Thông tư 128. Điểm c khoản 4 Điều 55 Thông tư 128 đã quy định cụ thể trường hợp không thu thuế hoặc thu đủ thuế đối với hàng hóa tái nhập.

Do vậy, Tổng cục Hải quan đề nghị DN nghiên cứu quy định nêu trên để thực hiện.