Tổng cục Hải quan cho biết, Điều 83 Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật số 17/2008/QH12 thì: Văn bản quy phạm pháp luật được áp dụng đối với hành vi xảy ra tại thời điểm mà văn bản đó có hiệu lực. Theo đó, thời điểm trước ngày 1/7/2007 thì việc hoàn trả số tiền thuế nộp thừa được thực hiện theo quy định của Luật Thuế Xuất nhập khẩu số 45/2005/HQ11 và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Bên cạnh đó, theo quy định tại Khoản 11 Điều 19 Nghị định 149/2005/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành Luật Thuế Xuất nhập khẩu: “Trường hợp có sự nhầm lẫn trong kê khai, tính thuế, nộp thuế (bao gồm cả người nộp thuế hoặc cơ quan Hải quan) thì được hoàn trả số tiền thuế nộp thừa nếu sự nhầm lẫn đó xảy ra trong thời hạn 365 ngày trở về trước, kể từ ngày phát hiện có sự nhầm lẫn. Ngày phát hiện có sự nhầm lẫn là ngày ký văn bản xác nhận giữa người nộp thuế và cơ quan Hải quan”.