Theo văn bản của Tổng cục Hải quan, căn cứ Thông tư số 139/2013/TT-BTC ngày 9/10/2013 của Bộ Tài chính, trường hợp Công ty TNHH Tân Bình chỉ sử dụng số nguyên liệu có sẵn trong tàu Tân Bình 139, đã nộp đủ thuế khi tàu nhập cảnh, không mua bổ sung nguyên liệu từ nội địa trong quá trình hoạt động tại Việt Nam thì số nhiên liệu còn lại trên tàu khi xuất cảnh được hoàn thuế theo quy định tại Điều 49, Điều 132 Thông tư số 38/2015/TT-BTC. Trường hợp có mua bổ sung nhiên liệu từ nội địa để bổ sung cho tàu thì không thuộc đối tượng hoàn thuế theo quy định.

Tuy nhiên, Công ty TNHH Tân Bình cho rằng, quy định tại Thông tư số 139/2013/TT-BTC nêu trên áp dụng cho phương tiện chuyên dụng tự hành tạm nhập tái xuất để phục vụ thi công công trình, dự án đầu tư, không phải quy định cho phương tiện vận tải về Việt Nam. Nếu áp dụng hình thức này thì Tổng cục Hải quan phải đánh thuế tất cả trường hợp tàu nhập khẩu giống Công ty.

Bên cạnh đó, khi nhập khẩu tàu biển tại Hải Phòng, Chi cục kiểm tra sau thông quan của Cục Hải quan Hải Phòng kiểm tra doanh nghiệp và yêu cầu doanh nghiệp nộp phạt tiền thuế nhập khẩu đối với tàu làm thủ tục nhập khẩu mà hải quan địa phương không thu thuế nhiên liệu của phương tiện. Đồng thời, Hải quan Hải Phòng tính thêm tiền thuế nhập khẩu đối với tiền ăn, tiền đi lại của thuyền viên, tiền đi lại của đăng kiểm viên, tiền vé máy bay mua tại Việt Nam…

Công ty TNHH Tân Bình cho rằng việc tính thuế như trên không thỏa đáng. Qua Hệ thống tiếp nhận, trả lời kiến nghị của doanh nghiệp, Công ty đề nghị cơ quan có thẩm quyền xem xét, giải quyết.

Về vấn đề này, Bộ Tài chính trả lời như sau:

Nhiên liệu chứa trong tàu nhập khẩu là hàng hóa nhập khẩu độc lập

Trường hợp của Công ty TNHH Tân Bình mua của đối tác nước ngoài 7 tàu biển vận tải quốc tế mang quốc tịch Việt Nam theo điều kiện giao hàng tại cảng nước ngoài. Công ty đã mua một lượng nhiên liệu dầu DO, FO chứa trong tàu.

Một phần nhiên liệu chứa trong tàu đã trực tiếp chuyển hóa thành năng lượng vận hành tàu về đến Việt Nam, không phải là hàng hóa nhập khẩu độc lập, hữu hình hiện diện tại thời điểm nhập khẩu vào Việt Nam vì đã tiêu hao thuộc loại chi phí vận chuyển tàu về Việt Nam.

Khi tàu nhập khẩu vào Việt Nam, phần nhiên liệu còn lại chứa trong tàu là hàng hóa nhập khẩu độc lập, hữu hình. Như vậy, tại thời điểm nhập khẩu vào Việt Nam tồn tại 2 mặt hàng nhập khẩu: Tàu; dầu DO, FO còn lại trong tàu.

Do đó, ngoài việc doanh nghiệp kê khai nộp thuế đối với tàu nhập khẩu vào Việt Nam, doanh nghiệp phải kê khai nộp thuế đối với lượng dầu còn lại trong tàu nhập khẩu. Vì lượng dầu này thuộc đối tượng chịu thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường, thuế GTGT theo quy định của Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu (Điều 2), Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt (Điều 2, Điều 3), Luật Thuế bảo vệ môi trường (Điều 3, Điều 4), Luật Thuế GTGT (Điều 3, Điều 5), Luật Biên giới quốc gia (Điều l).

Nếu sau đó lượng dầu này không sử dụng tại Việt Nam mà được tái xuất ra nước ngoài theo tàu xuất cảnh thì sẽ được hoàn lại tiền thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường đã nộp theo quy định của pháp luật về thuế.

Theo quy định tại Điều 7, Điều 8, Điều 9, Điều 30 Luật Quản lý thuế, Điều 5 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ, Điều 2 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính, người nộp thuế có trách nhiệm khai thuế chính xác, trung thực, đầy đủ, tự tính, xác định số tiền thuế phải nộp và chịu trách nhiệm trước pháp luật về kê khai số tiền thuế phải nộp. Trường hợp cơ quan hải quan kiểm tra phát hiện việc khai thuế, tính thuế không đúng quy định thì có quyền thực hiện ấn định thuế và thu đủ tiền thuế cho Ngân sách Nhà nước.

Trên thực tế, Tổng cục Hải quan đã có Công văn số 843/TCHQ-TXNK ngày 14/2/2017 gửi Công ty TNHH Tân Bình xử lý vướng mắc chính sách thuế đối với lượng nhiên liệu chứa trong 1 tàu (TanBinh139) trong 7 tàu biển nhập khẩu của Công ty TNHH Tân Bình tại Cục Hải quan tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu, Công văn số 10114/TCHQ-TXNK ngày 25/10/2016 gửi Cục Hải quan tỉnh Kiên Giang xử lý vướng mắc chính sách thuế đối với lượng nhiên liệu chứa trong tàu nhập khẩu của Công ty CP tàu cao tốc Superdong đóng tại Malaysia.

Như vậy, các văn bản hướng dẫn về chính sách thuế của Tổng cục Hải quan tại các công văn nêu trên là đúng quy định pháp luật thuế hiện hành.

Về thông tin doanh nghiệp nêu, Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh, Cục Hải quan tỉnh Quảng Ninh không yêu cầu phải nộp thuế đối với lượng nhiên liệu chứa trong tàu nhập nhập khẩu, hiện nay, Bộ Tài chính đang chỉ đạo kiểm tra làm rõ thông tin doanh nghiệp nêu tại Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh, Cục Hải quan tỉnh Quảng Ninh và chấn chỉnh việc làm thủ tục hải quan, thủ tục thuế, thu thuế đối với loại hàng hóa này bảo đảm thống nhất đúng pháp luật thuế.

Chi phí phát sinh trước khi nhập khẩu được cộng vào trị giá hải quan

Căn cứ Điều 5, Điều 6, Điều 13 Thông tư 39/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính, trường hợp Công ty TNHH Tân Bình đã mua bán với đối tác nước ngoài 7 tàu biển vận tải hàng hóa theo điều kiện giao hàng tại cảng nước ngoài. Khi làm thủ tục hải quan nhập khẩu 7 tàu biển, Công ty khai báo điều kiện giao hàng là giá CFR (bao gồm cả chi phí vận chuyển F) với giá khai báo chỉ là nguyên giá của tàu biển được quy định trong hợp đồng mua bán tàu.

Tuy nhiên thực tế các tàu trên đều được giao hàng tại nước ngoài (nơi bán tàu), ngoài nguyên giá của tàu ghi trong hợp đồng còn phát sinh các chi phí liên quan đến việc mua tàu như phí vận chuyển tàu từ nước ngoài về Việt Nam, tiền mua dầu cho tàu để chạy về Việt Nam, tiền mua thêm tài sản cho tàu, phụ tùng thay thế, sơn,... Vì vậy, các chi phí phát sinh trước khi hàng hóa nhập khẩu vào Việt Nam được cộng vào trị giá hải quan.

Việc cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra sau thông quan theo dấu hiệu vi phạm tại trụ sở người khai hải quan được quy định tại Điểm 2 Điều 78, Điều 80 Luật Hải quan số 54/2014/QH13 ngày 23/6/2014 là đúng quy định. Người khai hải quan không đồng ý với kết quả kiểm tra có thể khiếu nại hoặc khởi kiện tại tòa hành chính theo quy định.