Phát biểu tại hội nghị, ông Nguyễn Nam Bình, Phó Cục trưởng Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh cho biết: "Năm 2017, Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh đã tổ chức nhiều hội nghị đối thoại chuyên đề, gặp gỡ với các doanh nghiệp hoạt động trong nhiều lĩnh vực, ngành nghề khác nhau, trong đó có lĩnh vực Khoa học - Công nghệ và Cộng nghệ -Thông tin để lắng nghe, kịp thời tháo gỡ những vướng mắc về chính sách thuế. Khoa học - Công nghệ và Công nghệ - Thông tin là lĩnh vực then chốt để phát triển các ngành nghề khác, ngay cả ngành Thuế cũng đã và đang ứng dụng Khoa học - Công nghệ - Thông tin vào tất cả các dịch vụ về thuế nhằm đáp ứng phù hợp với tốc độ và xu hướng phát triển của doanh nghiệp và xã hội.  "…

Tại buổi đối thoại, đại diện Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh cũng đã giải đáp các thắc mắc của doanh nghiệp.

Ông Lê Đình Đồng, đại diện Công ty Tiến Tuấn (quận Tân Phú) kiến nghị cơ quan thuế cần giải thích, xác định rõ các khoản ưu đãi; các khoản được khấu trừ trong quá trình sản xuất kinh doanh? Trả lời vấn đề này, ông Nguyễn Văn Thiện, Trưởng phòng Tuyên truyền Hỗ trợ Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh cho biết: "Đối với các doanh nghiệp công nghệ thông tin, ngành Thuế đang áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp ở mức cao nhất với thuế suất 10% trong vòng 15 năm, miễn thuế 4 năm từ khi có thu nhập và giảm 50% trong 9 năm tiếp theo. Đối với các doanh nghiệp Khoa học - Công nghệ (sau khi được công nhận là doanh nghiệp Khoa học - Công nghệ) thì thời điểm bắt đầu được hưởng ưu đãi về thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp là năm đầu tiên doanh nghiệp có doanh thu từ hoạt động Khoa học - Công nghệ và có thu nhập chịu thuế".

Liên quan đến việc áp dụng mức thuế và quy định về trích quỹ thành lập Khoa học - Công nghệ của doanh nghiệp, đại diện cơ quan thuế cho rằng, trường hợp của doanh nghiệp được xem như xuất khẩu phần mềm tại chỗ và được hưởng chính sách thuế suất 0%. Đối với quy trình trích quỹ Khoa học - Công nghệ, quỹ được hình thành từ nguồn thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp trong kỳ tính thuế, cụ thể: từ 3- 10% thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp trong kỳ để lập quỹ đối với doanh nghiệp nhà nước; Đối với các doanh nghiệp khác, tự quyết định mức trích cụ thể nhưng tối đa không quá 10% thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp trong kỳ.

Trong thời hạn 5 năm, kể từ khi trích lập, tổng số tiền đã sử dụng và số tiền nộp về quỹ phát triển Khoa học - Công nghệ nơi doanh nghiệp đăng ký nộp thuế không hết 70% số quỹ đã trích lập kể cả nhận điều chuyển (nếu có) thì doanh nghiệp phải nộp ngân sách Nhà nước phần thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên số tiền quỹ còn lại và phần lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp đó.

Hàng năm, doanh nghiệp phải lập báo cáo trích lập, điều chuyển và sử dụng quỹ được gửi đến Sở Khoa học - Công nghệ, cơ quan thuế quản lý trực tiếp cùng thời điểm nộp tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp năm của doanh nghiệp.