Theo đó, căn cứ khoản 1 Điều 156 Luật ban hành văn bản quy phạm pháp luật số 80/2015/QH13 thì văn bản quy phạm pháp luật được áp dụng đối với hành vi xảy ra tại thời điểm mà văn bản đó đang có hiệu lực.

Đối với các tờ khai xuất khẩu trước thời điểm ngày 01/9/2016 (ngày Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 và Nghị định số 134/2016/NĐ-CP có hiệu lực), căn cứ điểm d khoản 1 Điều 19 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 45/2005/QH11 thì hàng hóa là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu đã nộp thuế nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu được hoàn thuế nhập khẩu và không phải nộp thuế xuất khẩu.

Căn cứ khoản 4 Điều 15 Nghị định số 87/2010/NĐ-CP ngày 13/8/2010 thì hàng hóa nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu nếu đã nộp thuế nhập khẩu thì được hoàn thuế tương ứng với tỷ lệ sản phẩm thực tế xuất khẩu và không phải nộp thuế xuất khẩu đối với hàng hóa xuất khẩu có đủ điều kiện xác định là được chế biến từ toàn bộ nguyên liệu nhập khẩu.

Căn cứ điểm C5 khoản 5 Điều 114 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính thì tổ chức, cá nhân nhập khẩu nguyên liệu, vật tư sản xuất sản phẩm sau đó bán sản phẩm (sản phẩm hoàn chỉnh hoặc sản phẩm chưa hoàn chỉnh) cho tổ chức, cá nhân khác để trực tiếp sản xuất, gia công hàng hóa xuất khẩu thì sau khi tổ chức, cá nhân sản xuất, gia công hàng hóa xuất khẩu đã xuất khẩu sản phẩm ra nước ngoài; tổ chức, cá nhân nhập khẩu nguyên liệu, vật tư được hoàn thuế nhập khẩu tương ứng với phần tổ chức, cá nhân khác dùng sản xuất sản phẩm và đã thực xuất khẩu, đồng thời đáp ứng điều kiện: tổ chức, cá nhân bán hàng, tổ chức, cá nhân mua hàng thực hiện nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ; tổ chức, cá nhân đã đăng ký và được cấp mã số thuế; có hóa đơn bán hàng đối với việc mua bán hàng hóa giữa hai đơn vị.

Căn cứ Mục XII Công văn số 12166 ngày 31/8/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn đối với hàng hóa nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu, hàng kinh doanh tạm nhập tái xuất thuộc tờ khai hải quan trước ngày 01/9/2016, các quy định nêu trên và hướng dẫn tại Công văn số 11567/TCHQ-TXNK ngày 08/12/2016 của Tổng cục Hải quan hướng dẫn thực hiện Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, trường hợp Công ty TNHH Samil Vina nhập khẩu sợi theo loại hình nhập sản xuất xuất khẩu để sản xuất vải dệt kim đã nhuộm sau đó bán cho Công ty Hanesbrands Việt Nam để sản xuất quần áo (giá bán không bao gồm thuế nhập khẩu) và đã xuất khẩu sản phẩm (tờ khai xuất khẩu hàng hóa đăng ký trước thời điểm ngày 01/9/2016) thì xem xét xử lý hoàn hoặc không thu thuế nhập khẩu cho Công ty TNHH Samil Vina tương ứng với phần nguyên liệu, vật tư cấu thành trong sản phẩm Công ty Hanesbrands Việt Nam đã xuất khẩu.

Hồ sơ hoàn thuế thực hiện theo hướng dẫn tại Khoản 5 Điều 119 Thông tư số 38/2015/TT-BTC.

Đối với các tờ khai xuất khẩu hàng hóa sau thời điểm ngày 01/9/2016 (thời điểm Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 và Nghị định số 134/2016/NĐ-CP có hiệu lực), các trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu hàng hóa để sản xuất hàng xuất khẩu nhưng không trực tiếp xuất khẩu mà bán cho doanh nghiệp khác để sản xuất sản phẩm xuất khẩu thì không được miễn thuế, hoàn thuế theo hướng dẫn tại Công văn số 4846/TCHQ-TXNK ngày 20/7/2017 của Tổng cục Hải quan.