Căn cứ Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT) số 13/2008/QH12; Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/1/2012 của Bộ Tài chính; Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính.

Theo hướng dẫn của Bộ Tài chính tại công văn số 11271/BTC-TCHQ ngày 15/8/2016: mặt hàng “chế phẩm sử dụng trong hệ thống xử lý nước thải nhập khẩu” thuộc nhóm 3808 không phải là thuốc phòng trừ sâu bệnh do đó thuộc đối tượng áp dụng thuế suất thuế GTGT 10%.

Đối với các tờ khai nhập khẩu hàng hóa đăng ký trước ngày 1/1/2014, Bộ Tài chính giao Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh, Cục Thuế tỉnh Bà Rịa Vũng Tàu kiểm tra thực tế đối với trường hợp Công ty TNHH Việt Thắng Lợi, khi nhập khẩu hàng hóa đã khai, nộp thuế GTGT 5% ở khâu nhập khẩu, khi bán cho người tiêu dùng đã lập hóa đơn ghi thuế suất thuế GTGT trên hoá đơn GTGT bán ra là 5% thì không thực hiện điều chỉnh lại.

Đối với các tờ khai nhập khẩu hàng hóa đăng ký từ 1/1/2014, căn cứ quy đinh tại khoản 5b Điều 12 Thông tư số 219/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính:

Trường hợp Công ty TNHH Việt Thắng Lợi khi nhập khẩu hàng hóa đã khai, nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu, khi bán cho người tiêu dùng đã lập hóa đơn ghi thuế suất thuế GTGT trên hoá đơn GTGT bán ra đúng bằng với mức thuế suất thuế GTGT đã khai, nộp thuế ở khâu nhập khẩu; nhưng mức thuế suất thuế GTGT đã khai (ở khâu nhập khẩu và khâu bán ra nội địa) thấp hơn thuế suất đã được quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT.

Công ty không thể thu thêm được tiền của khách hàng thì số tiền đã thu của khách hàng theo hóa đơn GTGT được xác định là giá đã có thuế GTGT theo thuế suất đã được quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT, để làm cơ sở xác định đúng số thuế GTGT phải nộp và xác định doanh thu tính thuế thu nhập doanh nghiệp.