Về vấn đề này, ngày 23/5/2016 Tổng cục Thuế có Công văn 2184/TCT-DNL hướng dẫn như sau:

Căn cứ quy định tại Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính quy định về nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào;

Căn cứ quy định tại Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC nêu trên quy định về điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào;

Căn cứ vào quy định nêu trên, trường hợp Công ty cổ phần sản xuất thương mại xuất nhập khẩu Viễn thông A (Công ty) có trụ sở tại Thành phố Hồ Chí Minh sử dụng hóa đơn GTGT để xuất hàng cho Chi nhánh Công ty cổ phần sản xuất thương mại xuất nhập khẩu Viễn thông A tại Kon Tum (Chi nhánh) là đơn vị trực thuộc hạch toán phụ thuộc, Chi nhánh thu tiền bán hàng và nộp tiền mặt vào tài khoản của Công ty theo quy chế tài chính nội bộ của Công ty thì đây là quan hệ thanh toán nội bộ giữa Công ty và Chi nhánh.

Tổng cục Thuế giao Cục Thuế tỉnh Kon Tum phối hợp với Cục thuế TP. Hồ Chí Minh kiểm tra, đối chiếu việc kê khai, nộp thuế của Công ty và Chi nhánh, nếu Công ty thực hiện kê khai, nộp thuế đầy đủ đối với các hóa đơn GTGT xuất hàng cho Chi nhánh và Chi nhánh thực hiện bán hàng, nộp tiền vào tài khoản của Công ty theo đúng quy chế nội bộ thì Chi nhánh được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đối với các hóa đơn GTGT mua hàng hóa từ công ty mẹ nêu trên theo quy định.