Bộ Tài chính quy định rõ việc sử dụng hoá đơn khi làm thủ tục xuất khẩu, quyết toán thuế được thực hiện như sau: Hoá đơn nộp, xuất trình khi làm thủ tục hải quan, đối với các trường hợp xuất khẩu hàng hoá, cung ứng dịch vụ ra nước ngoài, xuất nhập khẩu tại chỗ (trừ xuất nhập khẩu tại chỗ sản phẩm gia công) doanh nghiệp nộp các loại hoá đơn sau (xuất trình bản chính để đối chiếu): Nộp 01 bản chụp hoá đơn thương mại (Commercial invoice) hoặc hoá đơn xuất khẩu, nộp 01 bản chụp hoá đơn giá trị gia tăng (GTGT).

Bên cạnh đó, đối với trường hợp xuất khẩu tại chỗ sản phẩm gia công, gia công chuyển tiếp, xuất khẩu vào doanh nghiệp chế xuất, xuất khẩu vào khu phi thuế quan: doanh nghiệp nộp 01 bản chụp hoá đơn GTGT hoặc hoá đơn xuất khẩu, xuất trình bản chính để đối chiếu.

Bộ Tài chính lưu ý, khi làm hồ sơ báo cáo thuế, quyết toán thuế với cơ quan quản lý thuế, doanh nghiệp nộp, xuất trình hoá đơn GTGT hoặc hoá đơn xuất khẩu.

Đối với trường hợp sử dụng hoá đơn xuất khẩu, doanh nghiệp thực hiện theo quy định tại khoản 3 Điều 32 Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính.