Cơ quan Thuế các tỉnh, thành phố căn cứ vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của từng sắc thuế để xác định thời điểm NNT thực hiện hành vi vi phạm hành chính về thuế, tương ứng từng thời điểm thực hiện hành vi vi phạm thì NNT sẽ bị xử phạt theo quy định của văn bản quy phạm pháp luật có hiệu lực tại thời điểm thực hiện hành vi vi phạm.

Chẳng hạn như: Trường hợp doanh nghiệp (DN) kê khai thuế Thu nhập DN (TNDN) tạm tính theo quý, có hành vi kê khai chi phí dẫn đến làm giảm thuế TNDN phải nộp trong quý I và II/2013 nhưng đến khi khai quyết toán thuế TNDN năm 2013 DN không kê khai điều chỉnh lại số thuế TNDN phải nộp, đến năm 2014 Cục Thuế thanh tra phát hiện thì thời điểm thực hiện hành vi khai sai dẫn đến thiếu thuế của DN được xác định là ngày tiếp theo ngày cuối cùng của thời hạn nộp hồ sơ quyết toán thuế TNDN năm 2013.