Về vấn đề này, ngày 12/2/2018, Cục Thuế xuất nhập khẩu có Công văn  973/TXNK-CST hướng dẫn, trong đó nêu rõ: Căn cứ khoản 3 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế số 106/2016/QH13 thì cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý, trừ trường hợp hàng hóa nhập khẩu để xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật hải quan.

Căn cứ khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ, thì cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật hải quan và các văn bản hướng dẫn.

Căn cứ khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT, Luật thuế TTĐB và Luật quản lý thuế, thì cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan, Nghị định số 01/2015/NĐ-CP ngày 02/01/2015 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành phạm vi địa bàn hoạt động hải quan, trách nhiệm phối hợp trong phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới và các văn bản hướng dẫn.

Trường hợp doanh nghiệp đã nộp thuế GTGT đối với hàng nhập khẩu nhưng sau đó tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài theo các tờ khai xuất khẩu số 301675836360/B11 ngày 22/12/2017, số 301661032061/B11 ngày 14/12/2017 thì thực hiện theo quy định tại khoản 3 Điều 1 Thông tư 130/2016/TT-BTC của Bộ Tài chính.