Theo Cục Thuế Khánh Hòa, căn cứ theo quy định tại Điều 69, Thông tư số 194/2010/TT-BTC ngày 06/12/2010 của Bộ Tài chính, hàng hóa nhập khẩu theo diện hàng phi mậu dịch không phải là hàng hóa mua bán nhằm mục đích thương mại nên không phát sinh nghĩa vụ thanh toán, không có hợp đồng và hóa đơn thể hiện việc mua bán hàng hóa và cũng không có chứng từ thanh toán khoản tiền mua hàng hóa đó.

Như vậy, nếu DN nhập khẩu lô hàng trị giá theo diện hàng hóa phi mậu dịch, không có chứng từ thanh toán tiền mua hàng hóa qua ngân hàng nên không đáp ứng điều kiện để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo quy định tại Khoản 2 Điều 15, Thông tư số 06/2012/TT-BTC.

Ngoài ra, nếu lô hàng được nhập khẩu phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh nhưng do là hàng hóa phi mậu dịch không có hóa đơn mua hàng, không có chứng từ thanh toán tiền hàng cũng không đáp ứng điều kiện để được chấp nhận tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế Thu nhập DN (TNDN) theo quy định tại Khoản 1(b) Điều 6 Thông tư số 123/2012/TT-BTC. 

Bên cạnh đó, Cục Thuế Khánh Hòa cũng nhấn mạnh, trường hợp lô hàng nhập khẩu thực chất là hàng hóa mua bán nhằm mục đích thương mại và không thuộc các trường hợp nêu tại Điều 69, Thông tư số 194/2010/TT-BTC nêu trên mà DN vẫn khai báo và làm thủ tục nhập khẩu theo diện hàng hóa phi mậu dịch là không phù hợp với các quy định của pháp luật về hải quan.

Do đó, các hoá đơn, chứng từ gắn với lô hàng này cũng không được xem là hóa đơn chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào và hạch toán chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.

Tuy nhiên, riêng đối với khoản thuế GTGT đầu vào của hàng hóa nhập khẩu không được khấu trừ thể hiện trên chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu thì Công ty được hạch toán vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN hoặc vào tính vào nguyên giá tài sản cố định theo quy định của pháp luật tại Khoản 8 Điều 14, Thông tư số 06/2012/TT-BTC.