Theo Tổng cục Hải quan, Bộ Tài chính đã có công văn 8356/BTC-TCHQ hướng dẫn về việc xác định trước mã số, trị giá và thời hạn nộp thuế như sau: “trường hợp khai báo nộp bổ sung tiền thuế thiếu, tiền thuế do cơ quan Hải quan ấn định thì thời hạn nộp thuế được tính từ ngày thông quan hoặc giải phóng hàng”.

Bên cạnh đó, Điều 1 Luật sửa đổi bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế quy định về chậm nộp tiền thuế thì: “Người nộp thuế chậm nộp tiền thuế so với thời hạn quy định, thời hạn gia hạn nộp thuế, thời hạn ghi trong thông báo của cơ quan quản lý thuế, thời hạn trong quyết định xử lý của cơ quan quản lý thuế thì phải nộp đủ tiền thuế và tiền chậm nộp theo mức lũy tiến 0,05%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp đối với số ngày chậm nộp không quá 90 ngày; 0,07%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp đối với số ngày chậm nộp vượt quá thời hạn 90 ngày”.

Như vậy, theo quy định, cơ quan Hải quan có trách nhiệm tính tiền chậm nộp đối với số tiền thuế phải nộp tăng thêm của lượng hàng dôi ra do chênh lệch trọng lượng hàng nhập khẩu đã khai báo với trọng lượng hàng theo chứng thư giám định của doanh nghiệp.

Ngoài ra, đối với trường hợp hàng hóa nhập khẩu đã nộp thuế nhưng thực tế nhập khẩu ít hơn thì sẽ được hoàn lại tiền thuế theo quy định tại Điều 113 Thông tư 194/2010/TT-BTC (nay là Điều 112 Thông tư 128/2013/TT-BTC).