Tại khoản 1 Điều 26 Chương IV Nghị định số 64/2002/NĐ-CP ngày 19/6/2002 của Chính phủ về việc chuyển doanh nghiệp nhà nước thành công ty cổ phần quy định chính sách đối với doanh nghiệp cổ phần hóa như sau: "Được hưởng ưu đãi về thuế theo quy định của Luật Khuyến khích đầu tư trong nước như đối với doanh nghiệp thành lập mới mà không cần phải làm thủ tục cấp chứng nhận ưu đãi đầu tư.”

Mục II Phần A Thông tư số 98/2002/TT-BTC ngày 24/10/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện việc miễn thuế, giảm thuế cho các đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP ngày 8/7/1999 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật khuyến khích đầu tư trong nước (sửa đổi) số 03/1998/QH10 quy định:“Các đối tượng nêu tại các điểm 1, 2 ,3, 4, 5, 6, 7, 8 và 9 Mục I nêu trên (gọi chung là cơ sở sản xuất, kinh doanh) có dự án đầu tư (đối với doanh nghiệp nhà nước thực hiện cổ phần hóa, giao, bán thì dự án đầu tư là phương án cổ phần hóa, giao, bán doanh nghiệp được cấp có thẩm quyền phê duyệt) đáp ứng các điều kiện về lao động, ngành, nghề thuộc các lĩnh vực được hưởng ưu đãi đầu tư, địa bàn ưu đãi đầu tư theo quy định tại Điều 15, Điều 16 Nghị định số 51/1999/NĐ-CP hoặc dự án đầu tư theo hình thức BOT, BTO thì được hưởng ưu đãi về thuế, tiền sử dụng đất và tiền thuê đất (gọi chung là ưu đãi về thuế) theo hướng dẫn tại phần B Thông tư này khi:

- Hoạt động đúng ngành nghề đã đăng ký kinh doanh;

- Đã đăng ký nộp thuế với cơ quan thuế;

- Thực hiện đầy đủ các quy định của pháp luật về kế toán, thống kê”.

Tại Khoản 2 Điều 50 Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22/12/2003 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế TNDN quy định: "Các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài đã được cấp Giấy phép đầu tư và các cơ sở kinh doanh trong nước đã được cấp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư thì tiếp tục được hưởng các ưu đãi về thuế ghi trong Giấy phép đầu tư. Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư. Trường hợp, các mức ưu đãi về thuế TNDN ghi trong Giấy phép đầu tư. Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư thấp hơn mức ưu đãi về thuế TNDN theo quy định của Nghị định này thì cơ sở kinh doanh được hưởng các mức ưu đãi về thuế TNDN theo quy định của Nghị định này cho thời gian ưu đãi còn lại.”

Tại điểm 3 Mục I Phần C Thông tư số 18/2002/TT-BTC ngày 20/2/2002 hướng dẫn thi hành Nghị định số 26/2001/NĐ-CP ngày 4/6/2001 của Chính phủ và Nghị định số 30/1998/NĐ-CP ngày 13/5/1998 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế TNDN quy định: “Các đơn vị hạch toán độc lập thuộc Tổng công ty, công ty có nghĩa vụ kê khai, nộp thuế, quyết toán thuế riêng. Các đơn vị hạch toán báo sổ phụ thuộc công ty, tổng công ty chỉ đăng ký thuế tại địa phương, không có nghĩa vụ kê khai thuế, nộp thuế tại địa phương. Tổng công ty, công ty có nghĩa vụ kê khai, nộp thuế, quyết toán thuế phần kinh doanh của mình và của các đơn vị hạch toán phụ thuộc báo sổ”.

Tại điểm 3 Mục I Phần D Thông tư số 128/2003/TT-BTC ngày 22/12/2003 quy định: “Các đơn vị hạch toán độc lập thuộc cơ sở kinh doanh có nghĩa vụ kê khai, nộp thuế, quyết toán thuế riêng. Các đơn vị hách toán báo sổ phụ thuộc cơ sở kinh doanh chính chỉ đăng ký thuế tại địa phương, không có nghĩa vụ kê khai thuế nộp thuế tại địa phương; Cơ sở kinh doanh chính có nghĩa vụ kê khai, nộp thuế, quyết toán thuế phần kinh doanh của mình và của các đơn vị hạch toán phụ thuộc báo sổ”.

Bên cạnh đó, kết luận của Thủ tướng Chính phủ tại Thông báo số 318/TB-VPCP ngày 13/11/2008 của Văn phòng Chính phủ cũng khẳng định: “Thủ tướng Chính phủ chấp thuận với biện pháp mà Bộ Tài chính đã thực hiện giảm 50% thuế TNDN đối với tổ chức niêm yết chứng khoán trong thời gian 02 năm, kể từ khi có chứng khoán được niêm yết lần đầu trên thị trường chứng khoán trong giai đoạn các năm 2004-2006”.

Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp Công ty được thành lập năm 2003 trên cơ sở cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nước thì Công ty được hưởng ưu đãi về thuế TNDN theo Luật khuyến khích đầu tư trong nước mà không phải làm thủ tục ưu đãi đầu tư.

Đến năm 2004, nếu ưu đãi về thuế TNDN Công ty đang được hưởng thấp hơn mức ưu đãi theo quy định của Luật thuế TNDN năm 2003 thì Công ty được áp dụng mức ưu đãi về thuế TNDN cao hơn quy định tại Nghị định 164/2003/NĐ-CP hướng dẫn Luật thuế TNDN năm 2003 cho thời gian ưu đãi còn lại theo đúng nguyên tắc quy định tại Nghị định 164/2003/NĐ-CP, Thông tư 128/2003/TT-BTC, Thông tư 88/2004/TT-BTC và Công văn số 11684/BTC-TCT ngày 16/9/2005 của Bộ Tài chính.

Thu nhập thuộc diện áp dụng ưu đãi thuế TNDN theo điều kiện cơ sở mới thành lập từ dự án đầu tư là thu nhập phát sinh từ các hoạt động thuộc phạm vi dự án đầu tư là phương án cổ phần hóa được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Công ty được áp dụng điều kiện hưởng ưu đãi là sử dụng nhiều lao động đối với toàn bộ thu nhập của hoạt động kinh doanh trong phương án cổ phần hóa (bao gồm cả các nhà máy sản xuất trong khu công nghiệp).

Nếu Công ty lựa chọn áp dụng điều kiện hưởng ưu đãi là “cơ sở sản xuất mới thành lập từ dự án đầu tư thực hiện trong Khu Công nghiệp” thì chỉ có thu nhập phát sinh từ 2 nhà máy sản xuất trong khu công nghiệp (tại thời điểm cổ phần hóa) được ưu đãi thuế TNDN, các đơn vị còn lại không đáp ứng điều kiện sản xuất trong khu công nghiệp nên không được hưởng ưu đãi.

Trường hợp trong năm 2006, Công ty thực hiện niêm yết chứng khoán và giao dịch lần đầu thì Công ty Vinamilk được giảm 50% số thuế TNDN phải nộp của hoạt động kinh doanh của Công ty (bao gồm các đơn vị hạch toán phụ thuộc) trong thời gian 02 năm, kể từ khi có chứng khoán được niêm yết lần đầu trên thị trường chứng khoán.

Tuy nhiên, trong phương án cổ phần hóa Công ty Sữa Việt Nam (tài liệu do Cục Thuế cung cấp) có nêu Công ty có 3 Chi nhánh kinh doanh, 5 Nhà máy và 1 xí nghiệp vận chuyển. Tại công văn số 7382/CT-TTr.1-N4, Cục Thuế phản ánh tại thời điểm cổ phần hóa, Công ty có 15 chi nhánh, nhà máy sản xuất hạch toán phụ thuộc, trong đó có 2 nhà máy trong khu công nghiệp. Đề nghị Cục Thuế  TP.Hồ Chí Minh xác định chính xác phạm vi dự án đầu tư để áp dụng ưu đãi thuế theo đúng quy định.