Về vấn đề này, Tổng cục Hải quan đã có công văn số 3815/TCHQ-TXNK ngày 11/7/2013 trao đổi với Ngân hàng Nhà nước Việt Nam. Ngày 06/8/2013, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam có công văn số 5628/NHNN-PC giải đáp vướng mắc của Tổng cục Hải quan về chứng từ thanh toán qua ngân hàng.

Tổng cục Hải quan sao gửi công văn số 5628/NHNN-PC ngày 06/8/2013 của Ngân hàng Nhà nước để Cục Hải quan các tỉnh, thành phố nghiên cứu, thực hiện.

Trường hợp chứng từ thanh toán qua ngân hàng do doanh nghiệp nộp trong bộ hồ sơ thanh khoản, xét hoàn thuế, không thu thuế không thể hiện rõ các thông tin liên quan đến hàng hóa đề nghị thanh khoản, hoàn thuế, cơ quan hải quan có nghi ngờ; thì thực hiện kiểm tra trước, thanh khoản, hoàn thuế, không thu thuế sau theo quy định tại khoản 5 Điều 128 Thông tư số 194/2010/TT-BTC ngày 06/12/2010 của Bộ Tài chính.