Trong công văn số 638/TCHQ-TXNK ngày 09/08/2013 để giải đáp thắc mắc của doanh nghiệp, Tổng cục Hải quan cho biết: Hiện nay, Tổng cục Hải quan đã thực hiện việc ký kết thỏa thuận hợp thác thu Ngân sách Nhà nước (NSNN) với 12 Ngân hàng thương mại cổ phần (gồm: Agribank, BIDV, MBBank, ABBank, HDBank, VietinBank, Techcombank, Vietcomebank, Maretimebank, VIBank, VPBank, MHBbank) và triển khai tại 34 Cục Hải quan tỉnh, thành phố theo công văn số 4454/TCHQ-TXNK ngày 02/08/2013 của Tổng cục Hải quan.

Nếu doanh nghiệp nộp thuế qua các ngân hàng thương mại nêu trên đã kết nối trao đổi thông tin và thanh toán thuế, bảo lãnh thuế điện tử với cơ quan hải quan hoặc chuyển tiền nộp thuế qua ngân hàng khác mà ngân hàng đó thanh toán bù trừ với các ngân hàng đã kết nối với Tổng cục Hải quan, thì thông tin nộp thuế của doanh nghiệp được cập nhật ngay vào hệ thống quản lý thuế của cơ quan Hải quan. Khi làm thủ tục xuất nhập khẩu hàng hóa, doanh nghiệp thông báo cho công chức hải quan nơi làm thủ tục đã nộp tiền thuế của lô hàng, cán bộ hải quan kiểm tra cơ sở dữ liệu tại chương trình quản lý thuế KTT559 để xem xét xử lý thông quan lô hàng.

Trường hợp trong cơ sở dữ liệu của hải quan chưa có thông tin thanh toán thuế của ngân hàng thương mại, cơ quan hải quan nhận thông tin nộp thuế chuyển từ Kho bạc Nhà nước để xác định lô hàng đã hoàn thành nghĩa vụ về thuế và làm thủ tục thông quan hàng cho doanh nghiệp.

Vì vậy, việc hạch toán chậm 5-6 ngày làm việc theo phản ánh của doanh nghiệp là do phía các ngân hàng thương mại chưa kết nối hoặc có tham gia kết nối thông tin với cơ quan Hải quan nhưng khi chuyển tiền từ tài khoản của doanh nghiệp để nộp tiền vào NSNN tại Kho bạc Nhà nước đã không chuyển dữ liệu sang Cổng thanh toán điện tử của Hải quan. Do đó, cơ quan Hải quan phải chờ dữ liệu từ Kho bạc Nhà nước truyền về (xác nhận số tiền doanh nghiệp nộp đã vào NSNN) thì sẽ được thanh khoản nợ cho doanh nghiệp trên hệ thống.