Cụ thể, thời hạn quyết toán Danh mục miễn thuế theo quy định tại điểm b1 khoản 2 Điều 104 Thông tư 194/2012/TT-BTC ngày 06/12/2010 của Bộ Tài chính là: “Chậm nhất là 45 ngày kể từ ngày kết thúc việc nhập khẩu hàng hóa thuộc danh mục hàng hóa miễn thuế đã đăng ký với cơ quan Hải quan”. Tuy nhiên, khi nào được hiểu là "kết thúc việc nhập khẩu" để yêu cầu doanh nghiệp thực hiện quyết toán tại đơn vị lại chưa được đề cập cụ thể.

Cách hiểu thứ nhất: Doanh nghiệp phải có trách nhiệm quyết toán trong vòng 45 ngày kể từ khi doanh nghiệp nhập khẩu hết lượng hàng hóa theo danh mục đã đăng ký.

Cách hiểu thứ hai: Doanh nghiệp phải quyết toán trong vòng 45 ngày kể từ khi doanh nghiệp nhập khẩu hết lượng hàng hóa theo danh mục đã đăng ký (nếu còn trong thời hạn doanh nghiệp đăng ký thời gian dự kiến nhập khẩu khi đăng ký danh mục miễn thuế) hoặc trường hợp chưa nhập khẩu hết lượng hàng đã đăng ký thì doanh nghiệp có trách nhiệm quyết toán trong vòng 45 ngày kể từ ngày hết thời hạn doanh nghiệp dự kiến nhập khẩu theo đăng ký.

Hiện nay, tại Cục Hải quan Quảng Ngãi có nhiều dự án đăng ký danh mục miễn thuế tạo tài sản cố định, đến nay doanh nghiệp vẫn chưa thực hiện quyết toán và cơ quan Hải quan cũng không có căn cứ để yêu cầu quyết toán vì doanh nghiệp chưa nhập khẩu hết lượng hàng đã đăng ký, dù thời gian dự kiến nhập khẩu đã hết hoặc giấy chứng nhận đầu tư có quy định thời gian xây dựng dự án để đưa vào sản xuất đã kết thúc, doanh nghiệp cũng không có yêu cầu kéo dài tiến độ thực hiện.

Để giải quyết vướng mắc trên, Cục Hải quan Quảng Ngãi đề xuất thực hiện theo cách thứ hai để yêu cầu quyết toán, không để kéo dài thời hạn quyết toán không lý do, gây khó khăn trong quản lý của đơn vị.

Về sử dụng hàng hóa miễn thuế: đối với hàng hóa doanh nghiệp nhập khẩu miễn thuế theo danh mục đã đăng ký, qua báo cáo của doanh nghiệp hoặc cơ quan Hải quan kiểm tra thì phát hiện doanh nghiệp chưa đưa vào sử dụng mà vẫn để trong kho hoặc để tại công trình của doanh nghiệp (không chuyển nhượng hoặc thay đổi mục đích khác) dù thời hạn thực hiện xây dựng dự án theo giấy đầu tư đã hết hoặc hợp đồng đóng tàu đã hết hạn. Doanh nghiệp giải trình lý do chưa đưa vào sử dụng hàng hóa này là vì tiến độ triển khai dự án chậm hoặc khó khăn về tài chính nên chưa thể tiếp tục triển khai dự án được.

Trường hợp này trách nhiệm quyết toán thực hiện như thế nào? Cơ quan Hải quan có thực hiện ấn định thuế đối với số hàng hóa miễn thuế nhưng chưa đưa vào sử dụng không?

Về thẩm quyền ấn định thuế đối với hàng hóa miễn thuế theo danh mục: Đối với trường hợp doanh nghiệp đăng ký danh mục miễn thuế tại Cục Hải quan tỉnh Quảng Ngãi nhưng đăng ký tờ khai nhập khẩu tại các Cục Hải quan địa phương khác thì:Khi thay đổi mục đích sử dụng, doanh nghiệp kê khai tại nơi đăng ký tờ khai hay nơi đăng ký danh mục miễn thuế? Khi kiểm tra, quyết toán danh mục miễn thuế phát hiện doanh nghiệp sử dụng sai mục đích miễn thuế thì nơi đăng ký danh mục ấn định thuế hay chuyển yêu cầu để nơi đăng ký tờ khai ấn định thuế?

Căn cứ quy định tại Điều 104 thông tư 194/2012/TT-BTC, doanh nghiệp có trách nhiệm phải thực hiện quyết toán danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế tại nơi đăng ký danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế. Đồng thời, trên cơ sở hồ sơ quyết toán, thông tin trên hệ thống quản lý rủi ro,…và các nguồn thông tin thu thập khác cơ quan Hải quan nghi ngờ có vi phạm thì Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố quyết định thực hiện kiểm tra sau thông quan. Tuy nhiên, Chi cục Kiểm tra sau thông quan lại không có thẩm quyền kiểm tra đối với các tờ khai nhập khẩu phát sinh ngoài địa bàn quản lý cũng là một bất cập hiện nay.