"2.1.2a. Chi phí được phép thu hồi trong năm tính thuế: là các chi phí thực tế phát sinh, liên quan trực tiếp đến hoạt động tìm kiếm thăm dò và khai thác dầu khí trong phạm vi hợp đồng dầu khí, đã được kiểm toán hàng năm …. Các khoản chi phí được coi là chi phí được phép thu hồi do các bên nhà thầu thỏa thuận tại hợp đồng dầu khí nhưng bao gồm các chi phí chủ yếu dưới đây: …. Tiền lương, tiền công và các khoản mang tính chất tiền lương tiền công; tiền ăn giữa ca và các khoản phụ cấp, trợ cấp trả cho người lao động Việt Nam và nước ngoài trên cơ sở hợp đồng lao động hoặc thỏa ước lao động tập thể phù hợp với quy định của pháp luật Việt Nam về lao động; …

Tất cả các khoản chi phí nêu trên phải có chứng từ hợp lệ, bất kỳ khoản chi nào không có chứng từ hoặc chứng từ không hợp lệ đều không được tính là chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp."

- Tại Khoản 2 Điều 14 Thông tư số 32/2009/TT-BTC ngày 19/02/2009 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện quy định về thuế đối với các tổ chức, cá nhân tiến hành hoạt động tìm kiếm thăm dò và khai thác dầu khí theo quy định của Luật Dầu khí, hướng dẫn như sau:

"(2). Chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế: Người nộp thuế được trừ vào chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN (trừ các khoản chi nêu tại khoản 3 dưới đây) nếu đáp ứng đủ các điều kiện sau:

- Khoản chi phí thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động tìm kiếm thăm dò và khai thác dầu thô, khí thiên nhiên nhưng không vượt quá số chi phí được xác định bằng doanh thu bán dầu thô, khí thiên nhiên (x) tỷ lệ chi phí thu hồi thỏa thuận tại hợp đồng dầu khí. Trường hợp tại hợp đồng dầu khí không có thỏa thuận về tỷ lệ thu hồi chi phí thì tỷ lệ chi phí thu hồi để làm căn cứ xác định chi phí được trừ là 35%.

- Khoản chi có đủ hóa đơn, chứng từ hợp đồng theo quy định của pháp luật."

- Tại Điều 4.8 Hợp đồng dầu khí Lô 09.3 thỏa thuận về điều kiện trả công và điều kiện làm việc cho các Quan chức và nhân viên VRJ: "…. Mỗi bên Nhà thầu sẽ có quyền trực tiếp chi trả và gánh chịu các chỉ tiêu phụ trội liên quan đến điều kiện trả công và điều kiện làm việc cho các Quan chức và nhân viên VRJ mà Bên Nhà thầu cử sang, nếu Bên Nhà thầu đó muốn làm như vậy, phù hợp với chính sách nhân viên của công ty Bên Nhà thầu nói trên và các chi tiêu phụ trội đó sẽ không được coi là chi phí có thể thu hồi nhưng được khấu trừ khi tính thuế".

Căn cứ nội dung hướng dẫn trên, trường hợp Hợp đồng dầu khí Lô 09.3 có phát sinh khoản chi phí nhân công phụ trội do Idemitsu Oil & Gas Co.Ltd (là một bên Nhà thầu tham gia trong Hợp đồng Dầu khí Lô 09.3) đã trả thêm tại Nhật cho các cán bộ biệt phái của Idemitsu làm việc tại Việt Nam liên quan đến hoạt động tìm kiếm, thăm dò của Lô 09.3, phù hợp thỏa thuận tại Hợp đồng dầu khí Lô 09.3, nếu khoản chi này được thực hiện trên cơ sở hợp đồng lao động hoặc thỏa ước lao động tập thể phù hợp với quy định của pháp luật Việt Nam về lao động, có chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật, đã được Công ty dầu khí Việt - Nga - Nhật (là Công ty điều hành Hợp đồng dầu khí lô 09.3) kê khai, quyết toán thuế thu nhập cá nhân với cơ quan thuế Việt Nam, khi chuyển sang giai đoạn khai thác (từ 26/01/2010) chưa tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp thì Công ty dầu khí Việt - Nga - Nhật/Idemitsu được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp, nhưng tổng các khoản chỉ được trừ trong năm bao gồm cả khoản chi này không vượt quá số chi phí được xác định bằng doanh thu bán dầu thô, khí thiên nhiên nhân (x) tỷ lệ chi phí thu hồi thỏa thuận tại hợp đồng dầu khí lô 09.3.