Thông tư số 03/2021/TT-BTC hướng dẫn, doanh nghiệp khoa học và công nghệ được hưởng ưu đãi miễn, giảm thuế TNDN theo quy định tại Khoản 1 Điều 12 Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ về doanh nghiệp khoa học và công nghệ, cụ thể: được miễn thuế 04 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 09 năm tiếp theo.

Thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ được tính liên tục kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ. Trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ thì năm đầu tiên tính thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư.

Trong thời gian đang được ưu đãi miễn thuế, giảm thuế TNDN, nếu năm nào doanh nghiệp khoa học và công nghệ không đáp ứng điều kiện về doanh thu của các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ đạt tỷ lệ tối thiểu 30% trên tổng doanh thu năm của doanh nghiệp thì năm đó doanh nghiệp khoa học và công nghệ không được hưởng ưu đãi và được tính trừ vào thời gian được hưởng ưu đãi thuế TNDN của doanh nghiệp khoa học và công nghệ.

Trường hợp doanh nghiệp khoa học và công nghệ đã có thu nhập chịu thuế nhưng thời gian hoạt động sản xuất, kinh doanh được miễn thuế, giảm thuế của năm đầu tiên dưới 12 tháng thì doanh nghiệp khoa học và công nghệ được lựa chọn hưởng miễn thuế, giảm thuế ngay trong năm đầu tiên đó hoặc đăng ký với cơ quan thuế thời gian bắt đầu được miễn thuế, giảm thuế vào năm tiếp theo. Nếu doanh nghiệp đăng ký để miễn thuế, giảm thuế vào năm tiếp theo thì phải xác định số thuế phải nộp của năm đầu tiên đã có thu nhập chịu thuế để nộp vào Ngân sách Nhà nước theo quy định.

Theo Thông tư số 03/2021/TT-BTC, trường hợp doanh nghiệp khoa học và công nghệ đã hoặc đang được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo điều kiện ưu đãi khác (ngoài điều kiện ưu đãi doanh nghiệp khoa học và công nghệ) mà được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ thì thời gian miễn thuế, giảm thuế TNDN theo điều kiện doanh nghiệp khoa học và công nghệ được xác định bằng thời gian miễn thuế, giảm thuế TNDN áp dụng cho doanh nghiệp khoa học và công nghệ trừ đi thời gian miễn thuế, giảm thuế TNDN đã hưởng theo điều kiện ưu đãi khác.

Trường hợp doanh nghiệp khoa học và công nghệ đang hoạt động và đang được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo điều kiện doanh nghiệp khoa học và công nghệ được cơ quan có thẩm quyền bổ sung sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ vào Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ thì thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ bổ sung được hưởng ưu đãi miễn thuế, giảm thuế TNDN cùng với ưu đãi miễn thuế, giảm thuế TNDN của doanh nghiệp khoa học và công nghệ đang được hưởng cho thời gian còn lại.

Thông tư số 03/2021/TT-BTC nêu rõ, doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ và phát sinh doanh thu, thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ kể từ ngày Nghị định số 13/2019/NĐ-CP có hiệu lực thi hành (ngày 20/3/2019) thì được hưởng ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ theo quy định.

Trường hợp doanh nghiệp đã được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ trước thời điểm Nghị định số 13/2019/NĐ-CP có hiệu lực thi hành đang trong thời gian hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật trước thời điểm Nghị định số 13/2019/NĐ-CP có hiệu lực thi hành thì tiếp tục được hưởng ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp cho thời gian còn lại, không tiếp tục được hưởng ưu đãi về thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành (ngày 1/3/2021).

Trường hợp doanh nghiệp đã được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học công nghệ trước thời điểm Nghị định số 13/2019/NĐ-CP có hiệu lực thi hành nhưng chưa được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật trước thời điểm Nghị định số 13/2019/NĐ-CP có hiệu lực thi hành, nếu đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ theo quy định thì được hưởng ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp cho thời gian còn lại.