Theo Quyết định, Ban Cải cách, hiện đại hóa hải quan thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định tại Quyết định số 2114/QĐ-BTC ngày 18/10/2017 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định nhiệm vụ và tổ chức hoạt động của Ban Cải cách, hiện đại hóa hải quan.

Ban Cải cách, hiện đại hóa hải quan hoạt động theo nguyên tắc:

- Tuân thủ Quy chế làm việc của Bộ Tài chính, của Tổng cục Hải quan và quy định tại Quy chế này.

- Đảm bảo dân chủ, tập trung thống nhất trong công tác quản lý của Ban; đảm bảo kỷ cương, kỷ luật, giữ gìn đoàn kết nội bộ trong quá trình thực hiện.

- Mọi công việc của Ban đều được phân công cụ thể. Mỗi việc do một người trực tiếp giải quyết và chịu trách nhiệm chính. Lãnh đạo trực tiếp phụ trách người được giao việc đó chịu trách nhiệm với cấp trên về kết quả công việc được phân công.

- Mối quan hệ giữa lãnh đạo Ban với các Tổ Nghiệp vụ, các chuyên viên là quan hệ chỉ đạo, điều hành. Mối quan hệ giữa các Tổ Nghiệp vụ, các chuyên viên thuộc Ban là quan hệ phối hợp để thực hiện chức năng, nhiệm vụ được giao...